Selon la tradition, un monastère aurait été fondé à cet endroit à l’époque de Charlemagne. Cependant, il aurait disparu en raison des incursions normandes. Le site aurait été restauré plus tard, sous l’abbatiat de saint Hugues de Cluny (1024-1109), qui a favorisé la construction d’une nouvelle église et l’établissement d’un prieuré clunisien.
En 1077, une bulle papale confirmait la fondation de ce prieuré, constituant le premier document connu qui en fait mention. Au XIIIᵉ siècle, l’église a subi d’importantes rénovations, modifiant ses structures originales. En 1569, les guerres de Religion ont gravement affecté le site, provoquant des destructions et un incendie. Malgré cela, le prieuré a pu se relever partiellement jusqu’à sa suppression en 1788.
L’église a conservé son statut paroissial, tandis que les bâtiments du prieuré sont passés entre les mains publiques avant d’être détruits par un incendie en 1837. Au XIXᵉ siècle, l’église a été profondément restaurée, ce qui a altéré son caractère original en supprimant les éléments médiévaux et en ajoutant de nouvelles structures néo-romanes. Au début du XXᵉ siècle, un nouvel incendie a nécessité d’autres travaux de reconstruction.
- BARRÈRE, Joseph (1855). Histoire religieuse et monumentale du diocèse d'Agen. Vol. 1. Agen: Chairou
- BESSE, J.-M. (1910). Abbayes et prieurés de l'ancienne France. Vol. 3: Provinces ecclésiastiques d'Auch et de Bordeaux. Abbaye de Ligugé
- CROZET, René (1969). Congrès Archéologique de France. 127e session. París: Société Française d’Archéologie
- THOLIN, Georges (1874). Études sur l'architecture religieuse de l'Agenais. Agen, Michel
L’église du prieuré est située au centre du village de Mézin, au sud-ouest d’Agen