L'origine de cette abbaye de chanoines est liée à la seigneurie de Beaugency. Bien que la tradition lui attribue une fondation plus ancienne, une église fut édifiée vers 1030 à proximité du château des seigneurs de Beaugency, avec l'intervention d'Odelric, évêque d'Orléans de 1022 à 1033, sous la protection de Lancelin Ier († 1080), seigneur de Beaugency. L'édifice fut intégré dans l'enceinte fortifiée du château. Cette église servait de chapelle funéraire aux seigneurs du lieu et était desservie par une communauté de chanoines séculiers.
Sous Raoul Ier de Beaugency (v. 1068-1130), probablement peu avant 1104, la règle de Saint Augustin y fut introduite et la communauté devint une abbaye de chanoines réguliers. Le premier abbé de cette maison fut Rainardus. À cette même époque furent construits les bâtiments conventuels et l'église fut reconstruite. Celle-ci remplissait à la fois les fonctions d'église abbatiale pour la communauté, de chapelle seigneuriale et d'église paroissiale de la ville. En 1139, le pape Innocent II confirma les biens de l'abbaye.
En 1367, l'abbaye subit les effets indirects de la guerre de Cent Ans. Bien que le site fût protégé par les défenses du château, la communauté souffrit des conséquences économiques du conflit. En 1562, Beaugency fut prise par les huguenots et l'abbaye en fut affectée. Sa situation s'aggrava encore sous le régime des abbés commendataires, instauré dès 1551. En 1642, la maison fut réformée sur le plan de l'observance en intégrant la Congrégation de France.
Après la Révolution, la vie monastique ayant disparu, l'église retrouva sa fonction paroissiale. Les autres bâtiments entourant le cloître furent affectés à des écoles et à un établissement hôtelier. L'église est conservée : c'est un édifice à trois nefs de cinq travées, avec un transept qui ne déborde pas des bas-côtés. Le chœur comprend deux travées et est entouré d'un déambulatoire dans le prolongement des bas-côtés. À l'est, il se termine par une abside semi-circulaire pourvue de trois chapelles rayonnantes. À l'ouest de l'église s'élève le donjon du château.
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- COTTINEAU, Laurent-Henri (1936). Répertoire topo-bibliographique des abbayes et prieurés. Vol. 1. Mâcon: Protat
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