L’église Notre-Dame de Fontenay-le-Comte fut le siège d’un prieuré bénédictin dépendant de l’ancienne abbaye Notre-Dame de Luçon. La première mention de ce prieuré remonte à l’an 942. L’église fut reconstruite au XIe siècle et, au siècle suivant, elle assuma des fonctions paroissiales. Elle fut de nouveau reconstruite au XVe siècle, mais ces travaux furent gravement affectés dans la seconde moitié du XVIe siècle en raison des guerres de Religion.
Le site fut occupé par les calvinistes jusqu’en 1594. Par la suite, des travaux de restauration y furent entrepris. Au XVIIe siècle, il accueillit l’évêque et le chapitre de la cathédrale de Maillezais, jusqu’à ce que, en 1666, ce diocèse soit transféré à La Rochelle. L’église fut fermée à la suite de la Révolution et transformée en Temple de la Raison. Après une nouvelle restauration pour réparer les dégâts, elle retrouva sa fonction paroissiale en 1803. L’église gothique, restaurée, est conservée ; on en remarque le clocher et le portail sud, de la même époque. On conserve également la crypte primitive.
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