La iglesia de Notre-Dame de Fontenay-le-Comte fue la sede de un priorato benedictino dependiente de la antigua abadía de Notre-Dame de Luçon. La primera noticia de este priorato data del año 942. La iglesia se reconstruyó en el siglo XI y, en el siglo siguiente, asumió funciones parroquiales. Volvió a ser reconstruida en el siglo XV, pero esta obra quedó muy afectada en la segunda mitad del siglo XVI a causa de las guerras de Religión.
El lugar estuvo ocupado por los calvinistas hasta el año 1594. Posteriormente se llevaron a cabo obras de restauración. En el siglo XVII acogió al obispo y al cabildo de la catedral de Maillezais, hasta que, en 1666, aquella diócesis se trasladó a La Rochelle. La iglesia fue clausurada a raíz de la Revolución y convertida en Templo de la Razón. Después de una nueva restauración para rehacerse de los estragos, en 1803 recuperó sus funciones parroquiales. Se conserva la iglesia gótica, restaurada, de la que destacan la torre campanario y la portada sur, de la misma época. También se conserva la primitiva cripta.
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