Les franciscains seraient arrivés à Lyon au XIIIᵉ siècle ; certains auteurs situent cet événement en 1220, avec l’arrivée de frères venus du couvent de Villefranche-sur-Saône, au nord de la ville, grâce au soutien d’un seigneur local qui aurait facilité la première implantation. En 1274, le deuxième concile de Lyon s’y tint, au cours duquel le franciscain Bonaventure de Bagnoregio (v. 1217-1274) joua un rôle de premier plan.
Bonaventure mourut dans ce couvent durant le concile ; il y fut enseveli et ensuite vénéré comme saint. Entre 1325 et 1327, une nouvelle église conventuelle dédiée à saint François fut construite, mais en 1484, deux ans après la canonisation de saint Bonaventure, cette dédicace fut remplacée par l’actuelle. En 1562, dans le contexte des guerres de Religion, le couvent subit un grave pillage, qui se répéta ultérieurement. La communauté franciscaine s’y maintint jusqu’à la Révolution : en 1791, le couvent fut abandonné puis vendu. En 1807, l’église retrouva le culte et constitue aujourd’hui l’unique vestige conservé de l’ensemble.
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- MARTIN, Jean-Baptiste i altres (1909). Histoire des églises et chapelles de Lyon. Vol. 2. Lió: Lardanchet
- PAVY, Louis-Antoine (1835). Les Grands cordeliers de Lyon, ou l'Eglise et le couvent de Saint-Bonaventure. Lió: Sauvignet (Lyon)
- REVEYRON, Nicolas (2021). Les couvents des frères mineurs dans la ville médiévale. Les exemples de Lyon et de Vienne. La città medievale è la città dei frati?
- VACHET, Abbé (1895). Les anciens couvents de Lyon. Lió: Vitte






