Els franciscans haurien arribat a Lió al segle XIII; alguns autors situen aquest fet l’any 1220, amb la vinguda de frares procedents del convent de Villefranche-sur-Saône, al nord de la ciutat, gràcies al suport d’un senyor local que hauria facilitat el primer assentament. El 1274 s’hi va celebrar el Segon Concili de Lió, en el qual va tenir un paper destacat el franciscà Bonaventura de Bagnoregio (c. 1217-1274).
Bonaventura va morir en aquest convent durant el concili; hi fou enterrat i posteriorment venerat com a sant. Entre els anys 1325 i 1327 es va construir una nova església conventual dedicada a sant Francesc, però el 1484, dos anys després de la canonització de sant Bonaventura, es va substituir aquesta advocació per l’actual. El 1562, en el context de les guerres de Religió, el convent va patir un greu saqueig, que es repetiria més endavant. La comunitat franciscana s’hi va mantenir fins a la Revolució: el 1791 el convent fou abandonat i posteriorment venut. El 1807 l’església va recuperar el culte i és avui l’únic vestigi conservat del conjunt.
- FODÉRÉ, Jacques (1619). Narration historique, et topographique des convens de l'ordre de S. François et monastères S. Claire. Lió: P. Rigaud
- HENRYOT, Fabienne (2017). Les Lyonnais et saint Bonaventure (fin du XVe-XVIIIe siècles). Revue historique, num. 682. Presses Universitaires de France
- MARTIN, Jean-Baptiste i altres (1909). Histoire des églises et chapelles de Lyon. Vol. 2. Lió: Lardanchet
- PAVY, Louis-Antoine (1835). Les Grands cordeliers de Lyon, ou l'Eglise et le couvent de Saint-Bonaventure. Lió: Sauvignet (Lyon)
- REVEYRON, Nicolas (2021). Les couvents des frères mineurs dans la ville médiévale. Les exemples de Lyon et de Vienne. La città medievale è la città dei frati?
- VACHET, Abbé (1895). Les anciens couvents de Lyon. Lió: Vitte






