Los franciscanos habrían llegado a Lyon en el siglo XIII; algunos autores sitúan este hecho en el año 1220, con la llegada de frailes procedentes del convento de Villefranche-sur-Saône, al norte de la ciudad, gracias al apoyo de un señor local que habría facilitado el primer asentamiento. En 1274 se celebró en este lugar el Segundo Concilio de Lyon, en el que tuvo un papel destacado el franciscano Buenaventura de Bagnoregio (c. 1217-1274).
Buenaventura murió en este convento durante el concilio; allí fue enterrado y posteriormente venerado como santo. Entre los años 1325 y 1327 se construyó una nueva iglesia conventual dedicada a san Francisco, pero en 1484, dos años después de la canonización de san Buenaventura, se sustituyó esta advocación por la actual. En 1562, en el contexto de las guerras de Religión, el convento sufrió un grave saqueo, que se repetiría más adelante. La comunidad franciscana se mantuvo hasta la Revolución: en 1791 el convento fue abandonado y posteriormente vendido. En 1807 la iglesia recuperó el culto y es hoy el único vestigio conservado del conjunto.
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- PAVY, Louis-Antoine (1835). Les Grands cordeliers de Lyon, ou l'Eglise et le couvent de Saint-Bonaventure. Lió: Sauvignet (Lyon)
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