On considère que l’abbaye de Saint-Jean l’Évangéliste, communauté de moniales bénédictines, fut fondée à une date inconnue (peut-être au VIIᵉ siècle) à Viviers, siège de l’ancien diocèse du même nom. Les moniales s’établirent dans l’église de Notre-Dame du Rhône, près du tombeau de saint Venance (v. 494-544), dont elles assuraient la garde. En 737, à la suite d’une attaque sarrasine, les moniales durent quitter Viviers en emportant les reliques du saint ; le lieu fut ruiné et ne retrouva jamais sa fonction monastique.
La communauté se transféra à Soyons, mais la première mention documentaire de cette nouvelle maison ne date que de 1179, où apparaît le nom de l’abbesse de l’époque, Guillemette. En 1245, l’abbesse Bernarde et Philippe de Savoie (évêque de Valence entre 1241 et 1267) signèrent un accord par lequel l’évêque obtenait les droits seigneuriaux sur Soyons en échange de la protection du monastère, que la communauté féminine, avec ses moyens limités, ne pouvait assurer. Par la suite, le monastère bénéficia de privilèges de protection accordés par plusieurs souverains, de Louis IX à Louis XIII.
Durant les guerres de Religion, Soyons subit les effets de l’instabilité du territoire, qui atteignirent également le monastère. En 1562, les huguenots prirent d’assaut l’abbaye, obligeant la communauté à fuir et à se réfugier à Valence, dans des maisons particulières ou des propriétés qui lui appartenaient. Dès 1570, on travaillait à la restauration du monastère, alors en grande difficulté économique et dépourvu de conditions de sécurité suffisantes. En 1622, il fut de nouveau pillé, occupé puis abandonné, seules quelques fragments des reliques de saint Venance ayant pu être sauvés.
En 1627, le transfert de la communauté à Valence fut autorisé, où un nouveau monastère devait être construit. Le monastère fut intégré à la congrégation de Chezal-Benoît et les religieuses commencèrent à l’occuper en 1633, la vénération des reliques de saint Venance y fut également transférée. La communauté y demeura jusqu’à la Révolution, qui en décréta la suppression. En 1790, quelques moniales furent autorisées à quitter le monastère, fermé définitivement en 1791, alors qu’il comptait dix religieuses. Une fois abandonnés, les bâtiments furent affectés à des usages militaires ; une petite partie du mobilier et ce qui restait des reliques de saint Venance furent ensuite répartis dans plusieurs églises de Valence.
L’église actuelle de Soyons est d’origine ancienne, avec des éléments carolingiens et des remaniements ultérieurs. Très endommagée pendant les guerres de Religion, elle fit l’objet d’importantes restaurations au XIXᵉ siècle, parmi lesquelles l’ouverture d’une porte principale dans l’abside centrale et la construction d’une nouvelle abside à l’ouest, inversant ainsi l’orientation de l’édifice.
À Valence subsiste encore la construction du XVIIᵉ siècle, aujourd’hui restaurée.
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