El monasterio de Sant Medir es uno de los más antiguos de los fundados con el patrocinio carolingio dentro del marco que se conoce como Marca Hispánica, la fecha de su establecimiento es desconocida, pero se menciona el abad Deodat quien hacia el 830 conseguía de Ludovico Pío su protección e inmunidad.
La inmunidad fue renovada por Carlos el Calvo en el año 844 en un precepto que se ha conservado, el documento menciona, además de Sant Medir y Sant Genís, las celdas de Santa Maria de Amer, Sant Andreu del Terri, Santa Maria de Colomers y Santa Maria de Càrcer. En 942, Sant Medir fue víctima de una incursión y seguramente debido a esto la comunidad habría decidido reconstruir el monasterio en Amer, más protegido, la iglesia de este lugar se consagró el año 949. La casa de Sant Medir habría perdido su condición monástica y en 1187 se encuentra en calidad de iglesia parroquial. En 1980 el lugar fue ocupado por las monjas cistercienses de Santa Maria de Cadins, que permanecieron ahí hasta hace unos años.
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