El lloc de Gualter és conegut des d’època molt reculada, fou cedit al monestir de Ripoll pel comte Guifre el Pelós, que l'hauria ocupat abans del 890. Ja al segle XI, Ermengol IV d'Urgell (comte entre 1065 i 1092) va intervenir perquè Ripoll fundés un priorat a l’església de Santa Maria de Gualter i amb aquest objectiu li va fer diverses donacions de béns i beneficis en aquest territori.
El 1069 o 1079 (la data és dubtosa) els comtes d’Urgell (Ermengol IV i la seva esposa Llúcia de la Marca) van dotar el monestir de Gualter en el que es considera la fundació d’aquesta casa monàstica. Es coneix que el 1086 Ramon era el seu prior. El 1207 el bisbe d’Urgell, Pere de Puigverd, l’abat de Ripoll i altres autoritats eclesiàstiques van consagrar l’església del priorat de Santa Maria de Gualter. Els comtes d'Urgell, en especial Ermengol VIII, continuaren afavorint el monestir, que va acumular un ampli patrimoni, malgrat tot mai no va passar de ser un petit priorat, que comptava només amb un prior, quatre monjos i alguns preveres beneficiats.
La vida monàstica va decaure molt al segle XV i el papa Climent VIII el va suprimir totalment el 1593 quan ja no devia mantenir comunitat, el patrimoni de Gualter i les seves rendes es van afegir a les del capítol de Solsona. En endavant fou una simple església parroquial, i mantingué aquest títol fins el 1936. Durant la guerra Civil l’església fou convertida en un polvorí i el 1939, durant la retirada republicana, fou dinamitada. El lloc encara és en ruïna tot i que en els darrers anys s’han fet treballs de consolidació i arranjament de les restes que encara mostren la grandiositat que tenia l’església que s’havia consagrat el 1207. El claustre també s’ha restaurat i les dependències annexes han estat adaptades com a seu de l'Ajuntament de la Baronia de Rialb.
Al Museu Nacional d'Art de Catalunya es conserva un retaule gòtic que procedeix d'aquest monestir. És obra de Jaume Serra i datat cap el 1385, està dedicat a sant Esteve i consta de tres carrers amb compartiments representant escenes de la vida del sant titular.
Ara al MNAC, Barcelona
- ALCOY, Rosa (2005). La plenitud de Jaume Serra. L'art gòtic a Catalunya. Pintura, 1. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- BACH I RIU, Antoni (1994). Catalunya romànica. Vol. XVII. La Noguera. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 12 Noguera. Barcelona: Arxiu Gavín
- GILABERT ROCA, Emili (2012). Memòria intervenció arqueològica preventiva a l'Església del monestir de Santa Maria de Gualter. Romànic Obert
- VILLANUEVA. Jaime (1850). Viage literario a las iglesias de España. Tomo XII. Viage á Urgel y á Gerona. Madrid: Real Academia de la Historia