El monasterio de Gerri es de origen antiguo, se fundó el 807 posiblemente en el lugar de una antigua iglesia visigótica dedicada a Sant Vicenç que los sarracenos habrían destruido. Más adelante se estableció el monasterio, donde el presbítero Espanell reunió una comunidad, el fundador hizo aportación de la iglesia y de otras propiedades así como de objetos litúrgicos. El 839 la casa de Gerri había adoptado la Regla de San Benito, en este momento también habría cambiado de advocación primitiva de Sant Vicenç por la de Santa Maria.
La casa condal de Pallars se convirtió en la principal protectora del monasterio al que hizo beneficiario de donaciones, pero también tuvo que sufrir las intervenciones de los condes sobre los asuntos y propiedades monásticas. De hecho el centro monástico gozaba de inmunidad desde el 849, pero esto no acabó con las intervenciones condales. El 966 consiguió del papa Juan XIII la sujeción directa a la Santa Sede, que teóricamente lo liberaba de las intromisiones episcopales. Sin embargo, la casa condal consiguió el 1096 poner el monasterio de Gerri bajo la dirección de la gran abadía de Sant Victor de Marsella, esta dependencia de la abadía de la Provenza se ejerció en mayor o menor grado, según la situación de cada momento.
La situación económica del monasterio era muy buena, por lo que se pudo levantar una nueva iglesia, la que se consagró en 1149 con presencia de las autoridades eclesiásticas y del conde Artau III. El 1190 Alfonso el Casto lo puso bajo su protección. Esta prosperidad se prolongó en el tiempo hasta que se vio interrumpida en el último cuarto del siglo XIII debido a la inestabilidad política del condado, el territorio y monasterio fueron invadidos en varias ocasiones. El siglo XIV no mejoró las cosas y fue víctima tanto de la codicia de los señores como de la peste negra que conllevó la muerte del abad y la dispersión de la comunidad. El nuevo abad se opuso frontalmente a los condes de Pallars y los desacuerdos fueron muy importantes, sobre todo en cuanto a términos jurisdiccionales; incluso el abad de Gerri llegó a excomulgar al conde Hug Roger.
Esta situación persistió en los años siguientes. En 1592 una bula papal lo incorporaba a la Congregación Claustral Tarraconense. Ya más adelante, el monasterio se vio afectado por la Guerra de Sucesión, que lo puso cerca de la ruina material. A pesar de ello y la reducida comunidad que tenía, el monasterio continuó manteniendo sus derechos jurisdiccionales. No parece que le afectara particularmente la guerra de la Independencia, tal vez por su situación geográfica. La desamortización y exclaustración de 1835 significó el cierre definitivo del monasterio, la pérdida de las importantes posesiones que tenía en el Pallars y la dispersión y pérdida del valioso patrimonio mobiliario que aún conservaba. La iglesia sufrió más pérdidas a raíz de la Guerra Civil de 1936, como la propia Mare de Déu de Gerri.
Esquema de la planta de la iglesia
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