La primera notícia que hom té de l’església del Roure porta la data de 1195 i és una donació a favor seu efectuada per Joan Mulner, altres operacions similars es troben en els anys següents, ja en el segle XIII. El 1261 es troba ja el nom d’un canonge, i el 1286 apareix el primer paborde conegut, Bernat, el que indica l’existència d’una comunitat més o menys important.
Tot fa pensar que es tractava de canonges seguidors de la Regla de Sant Agustí que haurien fundat l’establiment monàstic en una església preexistent. Hom té algunes notícies de la vida de la canònica durant el segle XIV, amb un reduïda comunitat que el 1365 tenia només tres membres. En aquella època va entrar en decadència i al segle següent hom reconstruïa l'església, amb aquest motiu el papa Benet XIII va concedir indulgències a qui col·laborés en l’obra. Mentre, el lloc s’havia convertit en un santuari amb certa devoció en el territori. La casa va tornar a patir destruccions, el 1485 el lloc fou assaltat i va quedar abandonat uns anys.
El 1529 el paborde era un canonge de Santa Maria de Vilabertran i no hi residia. La canònica fou secularitzada el 1592 quan ja feia temps que no tenia comunitat i que parcialment era en ruïnes. El 1725 el lloc estava abandonat, amb el mobiliari emmagatzemat a causa de l’estat en que es trobava l’església. Aquest lloc fou l’escenari de la Batalla del Roure entre França i Espanya, en el marc de la Guerra Gran. Del conjunt monàstic es conserven les ruïnes d'una església de construcció gòtica, aixecada entre els segles XV i XVI sobre un edifici anterior, d’època romànica. També hi ha importants restes de l'edifici conventual, més recent. Al segle XVII es va aixecar un nou santuari, una església situada al costat nord del monestir. El lloc ha estat objecte de diverses intervencions arqueològiques en els darrers anys.
- BADIA I HOMS, Joan (1981). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. II-B. Girona: Diputació de Girona
- BADIA I HOMS, Joan (1989). Catalunya romànica. Vol. VIII. L’Empordà I. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- CAMPO JORDÀ, Ferran del (2013). Història del priorat de Santa Maria del Roure
- CODINA REINA, Dolors (2012). Resultats arqueològics de les primeres intervencions a la canònica de Santa Maria del Roure, Pont de Molins. Figueres: Annals de l’IEE. Núm. 43
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d’esglésies. Vol. 13, Alt Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- MARQUÈS I PLANAGUMÀ, Josep M. (1996). Nota sobre vicissituds de Santa Maria del Roure. Figueres: Annals de l’IEE. Núm. 29
- VIVAS I LLORENS, Eduard (1992). Guerra Gran. La batalla del Roure i el seu santuari. Figueres: Annals de l’IEE. Núm. 25