Des del 1459 existia, fora de la població de Briviesca, una comunitat de franciscanes terciàries fundada pel també franciscà Lope de Salazar y Salinas. Aquell any una butlla del papa Pius II (1458-1464) ordenava que les religioses professessin com a clarisses del segon orde. Més endavant va intervenir la família dels Velasco, que ja havia participat anteriorment en la fundació del monestir de Medina de Pomar, també de clarisses. Mencía de Velasco, filla del conestable de Castella Pedro Fernández de Velasco (1425-1492), va impulsar directament aquesta casa el 1511 i l’any següent va començar la construcció del nou complex conventual, obra que es va accelerar després de la seva mort, el 1523. En el mateix segle XVI, al costat de l’església es va aixecar un hospital de pelegrins. La comunitat de clarisses va mantenir-se en aquest lloc fins que el 2005 les monges es van traslladar a Lerma.

De l’església cal fer esment especial del grandiós retaule major (1511-1569), obra dels escultors Diego de Guillén i Pedro López de Gámiz centrat per la representació de l’Arbre de Jessè.