San Juan de Ortega és un personatge que va viure a cavall dels segles XI i XII, seguidor de sant Domènec de la Calzada i col·laborador seu en la tasca de millorar el Camí de Sant Jaume al seu pas per les terres de l’actual Rioja i Burgos. A causa d’un salvament miraculós en un naufragi quan retornava d’una peregrinació a Jerusalem, Juan va complir amb la seva promesa d’edificar una capella en honor de sant Nicolau de Bari.

En aquella capella, juntament amb un hospital annex, s’hi va aplegar una comunitat de canonges augustinians, que en van tenir cura amb la protecció de la monarquia castellana. Inicialment aquella canònica era dedicada a San Nicolás, però a partir del segle XIII seria coneguda com San Juan de Ortega, en honor al seu fundador.

A causa del seu estat de decadència, aquella comunitat fou substituïda el 1432 per monjos jerònims procedents de Fresdeval (Burgos), que continuarien amb la tasca de tenir cura dels pelegrins que passaven pel lloc.