San Juan de Ortega es un personaje que vivió entre los siglos XI y XII, seguidor de Santo Domingo de la Calzada y colaborador suyo en la tarea de mejorar el Camino de Santiago a su paso por las tierras de la actual Rioja y Burgos. Debido a un salvamento milagroso en un naufragio cuando regresaba de una peregrinación a Tierra Santa, Juan cumplió con su promesa de edificar una capilla en honor de San Nicolás de Bari.

En aquella capilla, junto con un hospital anexo, se reunió una comunidad de canónigos agustinianos, que tuvieron cuidado de ella con la protección de la monarquía castellana. Inicialmente aquella canónica estaba dedicada a San Nicolás, pero a partir del siglo XIII sería conocida como San Juan de Ortega, en honor a su fundador.

Debido a su estado de decadencia, esa comunidad fue sustituida en 1432 por monjes jerónimos procedentes de Fresdelval (Burgos), que continuarían con la tarea de atender a los peregrinos que pasaban por el lugar.