La fundació del monestir de clarisses de Medina de Pomar es va portar a terme gràcies a l’empenta dels Velasco, una influent família que en aquella època gaudia d’un pes considerable al territori i a la corona de Castella en general. Foren Sancho Sánchez de Velasco (c1266-c1314) i la seva esposa Sancha García, els qui van atorgar la carta de fundació l’any 1313, poc abans de la mort de Sancho; per tant, fou la vídua qui va encarregar-se de portar a bon fi la iniciativa.
No hi ha notícies de la construcció del primer establiment monàstic, només que el papa Joan XXII va concedir des d'Avinyó, el 1318, indulgències a favor dels visitants del convent i els que col·laboressin en la seva construcció. Hom desconeix des de quan s'hi van instal·lar les monges. Inicialment, es va establir que la comunitat estaria formada per 24 monges, però molt aviat es va ampliar. Els fundadors, i particularment Sancha García s'encarregaren de dotar econòmicament l'empresa, de manera que es pogués garantir el manteniment de la casa. En aquest sentit, hi ha constància que membres de la família Velasco van anar ingressant al monestir com a monges de manera regular fins al segle XVIII. El 1455, un dels descendents dels fundadors, Pedro Fernández de Velasco (1399-1470), va fundar l'Hospital de la Vera Cruz just al costat del monestir de les clarisses.
L'església del convent és el resultat de diverses construccions efectuades en el decurs del temps, obra que es va rematar amb el presbiteri barroc, de la primera meitat del segle XVII. Malgrat això, l'única nau del temple presenta una gran unitat. La construcció de la capella de la Concepción es va començar a iniciativa de Bernardino Fernández de Velasco (1454-1512) i la seva esposa Joana d'Aragó. Quan aquell va morir, va continuar l'obra el seu nebot Pedro Fernández de Velasco (c1485 -1559), i des del 1522 va ser Íñigo Fernández de Velasco (1462-1528), qui havia heretat els títols del seu germà Bernardino, el que es va ocupar d'això, portant a terme el gruix de l'obra fins que es va acabar, el 1532. Als peus del temple es troba el monument funerari d'Íñigo Fernández de Velasco (1462-1528) i la seva esposa María de Tovar (1462-1526) que serveix de frontal del cor monàstic.
A causa de la desamortització, el 1835 la comunitat va perdre les seves rendes i la propietat de les finques que els garantia la seva subsistència, des d'aquell moment les monges van haver de fer treballs diversos pel seu manteniment. Altres incidències foren els enfrontaments bèl·lics que la van afectar, des de les guerres Carlines fins a la guerra Civil, però aquestes no foren tan greus si les comparem amb els efectes soferts per altres comunitats religioses. De fet, el patrimoni i l'arxiu monàstic es va conservar. En els darrers anys s'han portat a terme importants obres de conservació i restauració.
- BALLESTEROS, Floriano (1980). Capilla mayor de la iglesia del monasterio de Santa Clara en Medina de Pomar. Boletín del Seminario de Estudios de Arte y Arqueología, vol. 46
- FUENTES, Mónica (2021). Cartografía histórica del movimiento de las Clarisas de Castilla y León. Universitat de Lleida
- LÓPEZ, Nicolás; i altres (2004). El monasterio de Santa Clara de Medina de Pomar. Asociación Amigos de Santa Clara
- PAULINO MONTERO, Elena (2014). Encuentro con lo sagrado y conmemoración familiar. Las ceremonias funerarias de los Velasco en Santa Clara de Medina de Pomar (1383-1471). Codex aquilarensis, núm. 30
- SAINZ SAIZ, Javier (1996). Monasterios y conventos de la província de Burgos. Lleó: Ed. Lancia
- SÁNCHEZ, Cayetano; PRADA, M. Fernanda (1996). Reseña histórica de los monasterios de clarisas de España y Portugal. Vol. 1. Ávila: Hermanas Clarisas de España