Miraflores es una cartuja de fundación tardía, si tenemos en cuenta que la llegada de esta orden a la Península había comenzado en 1194 con su establecimiento en Escaladei. En este lugar cercano a la ciudad de Burgos, había un palacete que había hecho levantar a Enrique III (1390-1406). Su hijo, Juan II de Castilla (1406-1454), cumpliendo sólo en parte el deseo de Enrique III de fundar un monasterio franciscano, lo dio a los cartujos, pero poniéndolo bajo la advocación de san Francisco, cosa nada habitual en esta orden.
En 1441, Juan II obtuvo el correspondiente consentimiento de los cartujos, tanto del prior de la Grande Chartreuse (Isère) como de los establecimientos de Escaladei y El Paular (Rascafría, Madrid). En 1452, aquel palacio reconvertido en cartuja se perdió completamente a causa de un incendio, tuvo que reconstruirse de arriba abajo, momento en que se aprovechó para cambiar la advocación inicial por la Virgen, pasando a denominarse Santa María de Miraflores. La construcción del conjunto monástico se prolongó en el tiempo debido a diversos obstáculos, y se acabó bajo el patronaje de Isabel I de Castilla, que finalizó la construcción iniciada en 1453, en época de Juan II.
El arquitecto encargado de aquella obra fue Juan de Colonia, especialmente conocido por su actuación en la catedral de Burgos, quien planeó un monasterio de estructura cartujana, con su iglesia reservada para la comunidad, algunas dependencias comunes y las celdas distribuidas en torno a un gran claustro. La vida cartujana se vio interrumpida varias veces en el siglo XIX, en diferentes exclaustraciones, entre 1808-14, 1820-23 durante el Trienio Liberal y entre 1835 y 1880. En este último período los cartujos se refugiaron en Francia mientras que el lugar pasaba a estar custodiado por el obispado de Burgos que mantuvo allí una pequeña comunidad que permitió garantizar su conservación hasta que en 1880 regresaron los cartujos para restaurar la vida monástica en el centro, que todavía se mantiene activa.
El conjunto monástico está formado por varias dependencias, pero la propia naturaleza de la orden cartuja hace que la visita sea bastante limitada. La reconstrucción fue comenzada por el arquitecto Juan de Colonia y continuada por Garci Fernández de Matienzo y Simón de Colonia. El mobiliario es muy rico, en medio del presbiterio se conserva el sepulcro de los fundadores: Juan II e Isabel de Portugal, de Gil de Siloé (1489-93), el retablo mayor (1496-99) es también obra de Gil de Siloé, y Diego de la Cruz.
En la Gemäldegalerie de Berlín se conserva un retablo procedente de esta cartuja. Se trata de un tríptico dedicado a la Virgen que se conoce con el nombre de Retablo de Miraflores. Representa tres escenas de la vida de la Virgen: la Natividad, la Piedad y la Aparición de Cristo a la Virgen, en las arquivoltas que rodean estas representaciones figuran otros personajes y escenas de menor entidad. Se le considera obra de Rogier van der Weyden y se puede fechar un poco antes del año 1445. La obra fue encargada y entregada a la cartuja por Juan II.
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