Miraflores és una cartoixa de fundació tardana, si tenim en compte que l'arribada d'aquest orde a la Península havia començat el 1194 amb el seu establiment a Escaladei (Priorat). En aquest lloc proper a la ciutat de Burgos, hi havia un palauet que havia fet aixecar Enric III (1390-1406). El seu fill, Joan II de Castella (1406-1454), complint només en part el desig d'Enric III de fundar un monestir franciscà, el va donar als cartoixans, però posant-lo sota l'advocació de sant Francesc, cosa gens habitual en aquest orde.
El 1441, Joan II va obtenir el corresponent consentiment dels cartoixans, tant del prior de la Grande Chartreuse (Isère) com dels establiments d'Escaladei i El Paular (Rascafría, Madrid). El 1452, aquell palau reconvertit en cartoixa es va perdre completament a causa d'un incendi, es va haver de reconstruir de dalt a baix, moment en què es va aprofitar per canviar l'advocació inicial per la Mare de Déu, passant a denominar-se Santa María de Miraflores. La construcció del conjunt monàstic es va perllongar en el temps a causa de diversos entrebancs, i es va acabar sota el patronatge d'Isabel I de Castella, que va finalitzar la construcció iniciada el 1453, en època de Joan II.
L’arquitecte encarregat d’aquella obra fou Juan de Colonia, conegut sobretot per la seva actuació a la catedral de Burgos, qui va planejar un monestir d’estructura cartoixana, amb la seva església únicament per a la comunitat, algunes dependències comunes i les cel·les distribuïdes al voltant d’un gran claustre. La vida cartoixana es va veure interrompuda diverses vegades en el segle XIX, en diferents exclaustracions, entre el 1808-14, el 1820-23 durant el Trienni Liberal i entre el 1835 i 1880. En aquest darrer període els cartoixans es van refugiar a França mentre que el lloc passava a estar custodiat pel bisbat de Burgos que hi va mantenir una petita comunitat que va permetre garantir la seva conservació fins que el 1880 hi van tornar els cartoixans per restaurar la vida monàstica en el centre, que encara es manté activa.
El conjunt monàstic està format per diverses dependències, però la mateixa naturalesa de l’orde cartoixà, fa que la visita sigui força limitada. La reconstrucció fou començada per l’arquitecte Juan de Colonia i continuada per Garci Fernández de Matienzo i Simón de Colonia. El mobiliari és molt ric, al bell mig del presbiteri es conserva el sepulcre dels fundadors: Joan II i Isabel de Portugal, de Gil de Siloé (1489-93), el retaule major (1496-99) és també obra de Gil de Siloé, i Diego de la Cruz.
A la Gemäldegalerie de Berlín es conserva un retaule procedent d'aquesta cartoixa. Es tracta d'un tríptic dedicat a la Mare de Déu que hom coneix amb el nom de Retaule de Miraflores. Representa tres escenes de la vida de la Mare de Déu: la Nativitat, la Pietat i l'Aparició de Crist a la Mare de Déu, a les arquivoltes que envolten aquestes representacions hi figuren altres personatges i escenes de menor entitat. Hom el considera obra de Rogier van der Weyden i es pot datar una mica abans de l'any 1445. L'obra fou encarregada i donada a la cartoixa per Joan II.
- ARIAS DE MIRANDA, Juan (1843). Apuntes históricos sobre la Cartuja de Miraflores de Burgos. Burgos: P. Polo
- ASSAS, Manuel de (1878). La cartuja de Miraflores, junto á Burgos. Monumentos arquitectónicos de España. Madrid: Fontanet
- B. de A. (1899). La cartuja de Miraflores. Burgos: S. Rodríguez
- CARTOIXA DE PARKMINSTER (1916). Maisons de l'ordre des Chartreux. Vol. III. Chartreuse de Saint-Hughes (Sussex)
- CORTÉS, Fernando (2021). La Cartuja de Miraflores, III. Las vidrieras. Madrid: Fund. Iberdrola
- HUIDOBRO, Luciano (1935). El antiguo palacio real de Miraflores. Boletín de la Comisión Provincial de Monumentos Históricos y Artísticos de Burgos, núm. 51
- MONJE CARTUJO (1952). Real Cartuja de Miraflores. Una joya de España. San Sebastián: Il. Gráfica
- MONJE CARTUJO (1992). Santa María de Miraflores. Burgos: Caja A. M. Burgos
- SAGREDO, Félix (1981). La cartuja de Miraflores. Lleó: Everest
- TARÍN, Francisco (1896). La Real Cartuja de Miraflores (Burgos). Burgos: S. Rodríguez
- YARZA, Joaquín (2021). La Cartuja de Miraflores, I. Los sepulcros. Madrid: Fund. Iberdrola
- YARZA, Joaquín (2021). La Cartuja de Miraflores, II. El retablo. Madrid: Fund. Iberdrola