Miraflores és una cartoixa de fundació tardana si tenim en comte que l’arribada d’aquest orde a la Península havia començat el 1194 amb el seu establiment a Escaladei. En aquest lloc, proper a la ciutat de Burgos, hi havia un palauet que havia fet aixecar Enric III (1390-1406). El seu fill Joan II de Castella (1406-1454), complint només en part el desig d’Enric III de fundar un monestir franciscà, el va donar a l’orde cartoixà però posant-lo sota l’advocació de sant Francesc, cosa gens habitual en aquest orde. El 1441, Joan II va obtenir el corresponent consentiment dels cartoixans, tant del prior de la Grande Chartreuse com dels establiments d’Escaladei (Priorat) i El Paular (Rascafría, Madrid). El 1452, aquell palau reconvertit en cartoixa es va perdre pràcticament en la seva totalitat a causa d’un incendi.

Es va haver de reconstruir totalment, moment en que es va aprofitar per canviar l’advocació inicial per la Mare de Déu, passant a denominar-se Santa María de Miraflores. La construcció del conjunt monàstic es va perllongar en el temps a causa de diversos entrebancs, i es va acabar sota el patronatge d’Isabel I de Castella, que va finalitzar la construcció iniciada el 1453, en època de Joan II. L’arquitecte encarregat d’aquella obra fou Juan de Colonia, conegut sobretot per la seva actuació a la catedral de Burgos, qui va planejar un monestir d’estructura cartoixana, amb la seva església únicament per a la comunitat, algunes dependències comunes i les cel·les distribuïdes al voltant d’un gran claustre.