Los franciscanos se habían establecido en los alrededores de Sahagún al menos desde el 1245. El 1.255 cuando Alfonso X el Sabio se encontraba en esta villa, los frailes menores le solicitaron un nuevo lugar donde poder levantar un convento con las dependencias necesarias para su funcionamiento. A raíz de esto se acordó con el abad del monasterio de San Benito la cesión del espacio adecuado. Después de un episodio de enfrentamiento entre las dos comunidades que tuvo lugar en 1257 y en el que hubo de intervenir el rey y el papa Alejandro IV, se reanudaron las obras y en 1260 se puso la primera piedra de la iglesia. Se tiene noticias de que en 1358 la construcción de ese edificio todavía no había terminado.

Las rivalidades entre las comunidades franciscana y benedictina de San Benito menudearon durante los siglos en que coexistieron los dos establecimientos en la misma villa. En 1683 se trasladó el colegio misionero que hasta ese momento los frailes menores tenían en Nuestra Señora de la Hoz (Segovia) lo que dio un nuevo impulso a la casa, a la vez que permitía la restauración de las antiguas construcciones. En 1688 llegó al convento una imagen de la Virgen que pronto se convertiría objeto de mucha devoción y que sería conocida con el nombre de La Peregrina y venerada en la iglesia conventual, convertida también en santuario. Los franciscanos sufrieron los efectos de la guerra de la Independencia y en 1836 tuvieron que abandonar el convento debido a la desamortización. En los últimos años se ha restaurado la iglesia de La Peregrina, prácticamente el único resto del antiguo convento franciscano. La imagen de La Peregrina se conserva en el museo de las benedictinas de Santa Cruz de Sahagún.