El origen del monasterio de San Benito de Sahagún está rodeado por las leyendas, éstas lo sitúan en la época de las persecuciones, cuando los santos Facundo y Primitivo fueron martirizados cerca de aquí y sus cuerpos arrojados al río Cea, que los arrastró aguas abajo hasta que se detuvieron en un lugar donde fueron enterrados. Más adelante ese lugar se convirtió en un centro de culto y en época visigótica, se incorporó una comunidad monástica que acabó el año 714 con la invasión sarracena. La casa fue conocida en aquella época con el nombre de Domnos Sanctos.

Una vez recuperadas estas tierras, Alfonso I de Asturias restauró el lugar pero fue arrasado de nuevo por un ataque islámico. La nueva fundación vino de la mano de Alfonso III el Magno, el año 872 habrían llegado unos monjes que huían del monasterio de San Cristóbal de Córdoba y el rey les cedió el lugar de Domnos Sanctos. De nuevo fue atacada por sarracenos (883) y de nuevo fue restaurada también bajo Alfonso III, en el año 904. Rápidamente comenzó la construcción de una nueva iglesia, consagrada en 935. El lugar empezó a ser conocido con el nombre de San Facundo (lo que derivaría en Sahagún) y recibió del mismo rey una importante donación territorial que sería la base de una rica señoría que sería administrada desde el monasterio. Este patrimonio sería incrementado en los años siguientes por varios monarcas. Alfonso VI fundó un hospital para peregrinos, también bajo este rey se puso la casa bajo la dirección de Cluny mientras se cambiaba el rito mozárabe por el romano, no sin oposición. Este monarca fue enterrado en el monasterio.

Se convirtió en un centro de poder importante, se formó una villa a su alrededor e incluso acuñó moneda. A su alrededor, hacia el 970 se fundó un rico beaterio para mujeres nobles, bajo la advocación de San Juan Bautista. En el transcurso de la primera mitad del siglo XIII (1235) la villa de Sahagún y la misma abadía fueron víctimas de un incendio que destruyó la primera y afectó de forma importante la segunda. En 1494 la casa de Sahagún fue unida a San Benito de Valladolid. Otros tres incendios afectaron de nuevo esta casa, en 1590, el 1679 y 1692.