Els franciscans s’havien establert a les rodalies de Sahagún al menys des del 1245. El 1255 quan Alfons X el Savi es trobava en aquesta vila, els framenors li van sol·licitar un nou lloc on poder aixecar un convent amb les dependències necessàries pel seu funcionament. Arran d’això hom va acordar amb l’abat del monestir de San Benito la cessió de l’espai adient. Després d’un episodi d’enfrontament entre les dues comunitats que va tenir lloc el 1257 i en el que hi va haver d’intervenir el rei i el papa Alexandre IV, es van reprendre les obres i el 1260 es va posar la primera pedra de l’església. Hom té notícies que el 1358 la construcció d’aquell edifici encara no havia acabat.

Les rivalitats entre les comunitats franciscana i benedictina de San Benito van sovintejar durant els segles en que van coexistir els dos establiments a la mateixa vila. El 1683 s’hi va traslladar el col·legi missioner que fins aquell moment els framenors tenien a Nuestra Señora de la Hoz (Segòvia) el que va donar un nou impuls a la casa, alhora que permetia la restauració de les antigues construccions. El 1688 va arribar al convent una imatge de la Mare de Déu que aviat esdevindria objecte de molta devoció i que seria coneguda amb el nom de La Peregrina i venerada en l’església conventual, convertida també en santuari. Els franciscans van patir els efectes de la guerra del Francès i el 1836 van haver d’abandonar el convent a causa de la desamortització. En els darrers anys hom ha restaurat l’església de La Peregrina, pràcticament l’única resta de l’antic convent franciscà. La imatge de La Peregrina es conserva al museu de les benedictines de Santa Cruz de Sahagún.