El 912, Garcia I de Lleó, fill d’Alfons III el Magne, va fer donació de diverses esglésies a aquest monestir en suport a la comunitat aquí establerta, a la que van seguir altres donacions efectuades els anys següents. Això indica que ja existia, és esmentada per primer cop el 905, i hom considera que era molt antic. En aquell moment, el rei devia reedificar o restaurar l'antic cenobi anterior, inicialment dedicat a Santa Eulalia i San Vicente.
L’any 918 Ordoni II li va fer donació de més béns, però el 988 fou destruït per una ràtzia d’Almansor. Entre aquesta darrera data i el 1099 va continuar la seva existència, però de manera molt precària. El 1099 fou restaurat una altra vegada per la infanta Urraca (filla de Ferran I de Lleó) que li va donar el monestir de San Juan de Lleó (intramurs de la ciutat), el de San Adriano de Baños i el de San Juan de Verbio, a Astúries, a més d’altres béns i diversos llibres. Seguidament, es va beneficiar de més donacions i privilegis, pels quals gaudia de jurisdicció civil i criminal.
A més dels monestirs esmentats li pertanyien Santa María de Algadefe (donat per Alfons VI), San Miguel de Bercedo (Astúries) i Santa María de Villafáfila (donat per Alfons VII). El monestir va arribar al segle XVI en un estat de profunda decadència, les construccions es trobaven en perill de ruïna i, fins i tot, el règim intern de la comunitat s’havia relaxat. A causa d’això, hom va optar per posar-lo sota l’autoritat de la Congregació de San Benito de Valladolid i, l’any 1512, el papa Juli II va emetre una butlla en aquest sentit, que el monestir no va acceptar i que no fou acatada fins que l’any següent el papa Lleó X va emetre una segona butlla.
A mitjans del segle XVI, l’estat de decadència era tan acusada que hom va optar pel seu trasllat al Colegio de San Vicente de Salamanca, el que va encendre una fervent oposició per part de la comunitat i dels habitants de la rodalia. El monarca Felipe II va protegir el monestir i va aturar el trasllat. En aquesta època, sota l’abadiat de Diego de Lucio (1544-1553), van començar les obres d’una nova església i claustre. A finals de segle, s’acabaven les obres d’aquest darrer. A partir del 1551 l’establiment monàstic va passar a ser un col·legi i casa d’estudis per a religiosos, el que va donar cert impuls a la seva precària situació.
Va patir els efectes de la Guerra del Francès, quan els monjos sembla que es van veure obligats a abandonar l’establiment. Exclaustrat el 1835, el monestir fou venut i va passar per mans diverses mentre queia en ruïna. El 1931 fou declarat Monument Històric, però malgrat això, quan el 1946 va passar a ser propietat de la diòcesi, diversos elements arquitectònics foren traslladades a la ciutat de Lleó, on llavors s’estava bastint l’església de San Juan y San Pedro de Renueva. El lloc de l’antic monestir fou adquirit el 2010 per l’Ajuntament de Gradefes.
El monestir abans de la retirada dels darrers elements arquitectònics
- ARGAIZ, Gregorio de (1675). La soledad laureada por San Benito y sus hijos en las Iglesias de España. Vol. 6. Provincia de Asturias y Cantabria. Madrid: Zafra
- AUBERT, R. (1963). Dictionnaire d'histoire et de géographie ecclésiastiques. Vol. 15. París: Letouzey et Ané
- CALVO, Aurelio (1957). San Pedro de Eslonza. Madrid: C.S.I.C. Instituto “Enrique Florez”, Diputación Provincial de León
- CAMPOS SÁNCHEZ-BORDONA, María Dolores (1991). El Monasterio de San Pedro de Eslonza, modelo de las reformas arquitectónicas de la Orden de San Benito en el siglo XVI. Estudios humanísticos, núm. 13
- FIUZA PÉREZ, Natalia (2021). Reconstrucción virtual de la iglesia del Monasterio de San Pedro de Eslonza. Trabajo fin de Máster. Universidad de Salamanca
- MORAIS VALLEJO, Emilio (2002). Traslado de edificios históricos el caso de León durante la época franquista. De arte, núm. 1
- SANDOVAL, Prudencio de (1601). Primera parte de las fundaciones de los monesterios del glorioso Padre San Benito. Madrid: L. Sánchez
- V. V. (1885). Cartulario del Monasterio de Eslonza. Madrid: V. Hernando
- YEPES, Antonio de (1613). Coronica general de la orden de San Benito. Vol. IV. Valladolid