Este monasterio se fundó por voluntad del noble Rodrigo Rodríguez Girón y su esposa Inés Pérez, en unos terrenos que poseían en ese lugar. Su voluntad era entregarlos a la orden del Císter para que fundase un monasterio que se utilizaría como lugar de entierro para ellos y sus descendientes. La fundación se llevó a cabo desde el cercano monasterio cisterciense de Santa María de Benavides (Boadilla de Rioseco, Palencia).
En 1215 se formalizó un documento donde se dotaba económicamente el nuevo establecimiento, a la vez que los fundadores se comprometían a construir una iglesia y las dependencias necesarias para poder acoger a la nueva comunidad cisterciense. En este documento consta que ya existía la comunidad, posiblemente la fundación se había realizado el año anterior. En 1216, Enrique I de Castilla hizo una donación económica a favor del monasterio, ejemplo que siguieron los descendientes de los fundadores. Otros monarcas hicieron aportaciones y varios papas: Honorio III, Gregorio IX, Inocencio IV y Alejandro IV confirmaron aquellas donaciones y derechos obtenidos por la comunidad.
Nunca llegó a convertirse en un monasterio de importancia, se sabe que entre los siglos XVII y XVIII se reformaron las construcciones, sobre todo en lo que se refiere a las dependencias monásticas. A principios del siglo XIX el lugar se vio afectado por la Guerra del Francés, que provocó la dispersión de la comunidad y quedó en ruinas. Se recuperó mínimamente, pero con la desamortización, el lugar pasó a manos particulares, los bienes muebles, especialmente los sepulcros de los fundadores, fueron vendidos. Los edificios se adaptaron como vivienda y para las labores agrícolas de la finca. Se conserva la cabecera románica de la iglesia y los restos de los edificios de los siglos XVII y XVIII.
Filiación de Santa María de la Vega
Según el Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)Santa María de Sobrado dos Montes (La Coruña) / 1142
Monasterio de Valverde, o Benavides (Palencia) / 1169
Monasterio de Santa María de la Vega (Palencia) / 1215
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2002). Enciclopedia del Románico en Castilla y León. Palencia. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- TORRES BALBÁS, Leopoldo (1925). Las ruinas de Santa María de la Vega (Palencia). Archivo español de arte y arqueología, núm. 1/3
- YÁÑEZ NEIRA, Damián (1987). El monasterio cisterciense de Santa María de la Vega. Publicaciones de la Institución Tello Téllez de Meneses, núm. 57