Hom ha considerat que l’església de San Bartolomé (Río Lobos, Ucero) havia sigut la seu del convent i comanda templera de San Juan de Otero, dins de bisbat d’Osma. D’aquesta comanda templera hom té molt poques notícies, Francisco de Rades l’esmenta en relació amb un litigi entre els ordes del Temple i Calatrava per l’herència d’un cavaller que havia professat com a templer al convent de San Juan de Otero i que després havia ingressat al de Calatrava:

..."El dicho Convento de Sant Iuan del Otero, conforme a lo dicho, y a la opinion que ha venido de tiempo en tiempo, era tres leguas de la ciudad de Soria, en un cerro muy alto, llamado el Otero, dode al presente ay una Hermita llamada Sant Iuan, con cimientos y otras señales de grandes edificios"...

Per altra banda, un cop ja s’havia suprimit l’orde de Temple (1312), els seus béns, entre els quals s’esmenta l’ermita de San Bartolomé (a Ucero), van passar a la canònica de la catedral d’Osma i aquesta hi va organitzar l’Abadía de San Bartolomé que es troba esmentada des del 1477. Quan el bisbe d’Osma Alonso Enríquez (1506-1523) va reorganitzar la col·legiata canonical de la catedral, va potenciar la figura d’aquella Abadía de San Bartolomé, integrada per canonges seculars.
 

Gonzalo Martínez defensa que el convent de San Juan de Otero es trobava, efectivament, prop de Sòria i no a San Bartolomé, raonament avalat per la diferent titularitat i també pel topònim d’Otero que es contradiu amb la situació de l’església de San Bartolomé, al fons d’una vall. Potser l’ermita de San Bartolomé era només una possessió de San Juan de Otero. El convent hauria estat situat en un turó encara anomenat de San Juan, al terme de Peroniel del Campo (Almenar de Soria), a llevant de la capital.

També s'ha situat a Fuentelsaz de Soria (al nord de la ciutat de Sòria) on hi ha el Cerro de San Juan (prop de Portelrubio). Una altra ubicació seria a Ucero, al castell del que es conserven les ruïnes.