Alfons VII de Lleó i Castella va patrocinar la fundació del monestir de Huerta i possiblement l'any 1142 va arribar una comunitat de monjos cistercencs, procedents de l'abadia francesa de Berdoues (Gèrs) que es va establir inicialment al lloc de Cántavos. El 1151 es va començar a treballar en el seu trasllat a Huerta, cosa que no es va fer realitat fins al 1162.
El primer abat elegit en el nou lloc fou Martín de Finojosa, qui es va encarregar de l'organització de la nova casa cistercenca i donar impuls a la seva construcció i assentament. Arran de la seva situació geogràfica, durant la segona meitat del segle XIV el monestir va patir els efectes de la guerra entre Pere el Cerimoniós i Pere del Cruel de Castella, portant una època de decadència que es va allargar en el segle següent i no va acabar fins al 1498, quan la casa fou unida a la Congregación Cisterciense de Castilla, el que va donar pas a una llarga època de prosperitat que es reflecteix en noves construccions i la restauració espiritual del monestir.
En el segle XVIII la seva situació va tornar a decaure i va patir de les inestabilitats polítiques del territori, a més d'altres incidents, com ara unes inundacions que la van afectar profundament. Ja al segle XIX, el monestir va passar més trasbalsos amb la guerra del Francès, amb una exclaustració temporal, i el Trienni Liberal. El cop gairebé definitiu arribava amb l'exclaustració de 1835 que va portar el tancament del monestir fins a la seva recuperació molts anys després, el 1930. Malgrat totes les vicissituds patides, el conjunt monumental de Huerta és encara molt important i es conserva en millor estat que la majoria d'altres centres monàstics que van tenir una història paral·lela.
Filiació de Huerta
Segons l'Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)- BANGO, Isidro G.; dir. (1998). Monjes y monasterios, el Císter en el medievo de Castilla y León. Junta de Castilla y León
- DIAGO, Máximo (2018). El monasterio de Santa María de Huerta entre los siglos XII y XVI, relaciones con Aragón y con los poderes nobiliarios regionales. Hispania Sacra, num. 70
- GARCÍA FLORES, Antonio (2023). Santa María de Huerta, monasterio cisterciense. Santa María de Huerta: Monasterio
- HERNANDO, José Luis (2002). Monasterio de Santa María de Huerta. Enciclopedia del Románico en Castilla y León. Soria. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- LÓPEZ DE GUEREÑO, M.ª Teresa (2007). Santa María de Huerta, panteón de la nobleza castellana. De arte, núm. 6
- PÉREZ VILLAMIL, Manuel (1875). Una visita al Monasterio de Huerta. Sigüenza: M. Pita
- ROMERO, Agustín; i altres (2005). Santa María de Huerta. Monasterio Cisterciense. Monasterio de Huerta