En data indeterminada Alfons VII de Lleó i Castella va patrocinar la fundació del monestir de Huerta i possiblement l’any 1142 va arribar una comunitat de monjos cistercencs de l’abadia francesa de Berdoues (Gèrs) que es va establir inicialment al lloc de Cántavos. El 1151 es va començar a treballar en el seu trasllat a Huerta, cosa que no es va fer realitat fins el 1162. El primer abat elegit en el nou lloc fou Martín de Finojosa qui es va encarregar de l’organització de la nova casa cistercenca i donar impuls a la seva construcció i assentament. Arran de la seva situació geogràfica, durant la segona meitat del segle XIV el monestir va patir els efectes de la guerra entre Pere el Cerimoniós i Pere del Cruel de Castella, portant una època de decadència que es va allargar en el segle següent i no va acabar fins el 1498 quan la casa fou unida a la Congregación Cisterciense de Castilla, el que va donar pas a una llarga època de prosperitat que es reflecteix en noves construccions i la restauració espiritual de la casa.

En el segle XVIII la seva situació va tornar a decaure i la casa patí de les inestabilitats polítiques, a més d’altres incidents, com ara unes inundacions que la van afectar profundament. Ja al segle XIX la casa va passar més trasbalsos amb la guerra del Francés, amb una exclaustració temporal, i el Trienni Liberal. El cop gairebé definitiu arribava amb l’exclaustració de 1835 que va portar el tancament del monestir fins la seva recuperació molts anys després, el 1930. Malgrat totes les vicissituds patides, el conjunt monumental de Huerta és encara molt important i es conserva en millor estat que la majoria d’altres centres monàstics que van tenir una història paral·lela.