En fecha indeterminada Alfonso VII de León y Castilla patrocinó la fundación del monasterio de Huerta y posiblemente en 1142 llegó una comunidad de monjes cistercienses de la abadía francesa de Berdoues (Gers) que se estableció inicialmente en el lugar de Cántavos. En 1151 se comenzó a trabajar en su traslado a Huerta, lo que no se hizo realidad hasta el 1162. El primer abad elegido en el nuevo lugar fue Martín de Finojosa quien se encargó de la organización de la nueva casa cisterciense y dar impulso a su construcción y asentamiento. A raíz de su situación geográfica, durante la segunda mitad del siglo XIV el monasterio sufrió los efectos de la guerra entre Pedro el Ceremonioso y Pedro del Cruel de Castilla, abriendo una época de decadencia que se prolongó en el siglo siguiente y no terminó hasta el 1498 cuando la casa fue unida a la Congregación Cisterciense de Castilla, lo que dio paso a una larga época de prosperidad que tuvo su reflejo en nuevas construcciones y la restauración espiritual de la casa.

En el siglo XVIII su situación volvió a decaer y la casa sufrió las inestabilidades políticas, además de otros incidentes, como unas inundaciones que la afectaron profundamente. Ya en el siglo XIX la casa pasó más trasiegos con la guerra de la Independencia, con una exclaustración temporal, y el Trienio Liberal. El golpe casi definitivo llegaba con la exclaustración de 1835 que llevó al cierre del monasterio hasta su recuperación muchos años después, en 1930. A pesar de todas las vicisitudes sufridas, el conjunto monumental de Huerta es todavía muy importante y se conserva en mejor estado que la mayoría de otros centros monásticos que tuvieron una historia paralela.