Es tracta d’un dels monestirs fundats en l’època de la repoblació del territori, cap als segles VIII-IX, tot i que hi ha narracions sense fonament que situen la seva fundació molt abans. De fet, no és fins al 836 que hom troba la primera referència documental de l’existència d’aquesta casa, tot esmentant el seu abat, Zecius. Més segur és un document del 863 amb alguna informació més precisa sobre el monestir de Santa María.
No es té constància fefaent de la regla seguida per aquella comunitat de monjos, però segurament estava organitzada per mitjà d’un pacte monàstic. L’any 927, hi ha una nova notícia sobre la casa, però després el lloc va quedar abandonat i sense comunitat per causes desconegudes. El monestir porta el nom de Puerto (Portus), el topònim romà i medieval de l’actual Santoña. En època de Garcia Sanxes III de Navarra (1035-1054) i amb suport d’aquell regne, el monestir fou restaurat pel monjo Paterno. El monarca navarrès li va atorgar un fur l’any 1047, tot i que cal dir que l’autenticitat d’aquest document ha estat posada en dubte.
El cert és que, gràcies a la protecció reial i la seva immunitat, la casa va recuperar antics béns que havia perdut, entre els quals esglésies i petits monestirs. En aquella època, el monestir fou unit per un curt període de temps a Santa María la Real de Nájera. Un cop recuperat aquest territori per la corona de Castella, va gaudir d’una època d’expansió i prosperitat. Alfons VII de Castella (1126-1157) va confirmar el fur atorgat per Garcia Sanxes III, ampliant aquelles possessions.
Des del 1156, o potser abans, Santa María de Puerto va tornar a dependre de Nájera. A finals del segle XII i, sobretot, a començament del segle següent, aquesta casa va patir una època de decadència, fet que també es troba a la casa mare de Nájera. A mitjans del segle XIII, ja havia desaparegut com a tal Actualment es conserva l’església, reconstruïda en època gòtica, però que conté elements romànics de l’època monàstica.
- AMADOR DE LOS RÍOS, Rodrigo (1891) . España, sus monumentos y artes. Vol. 22. Santander. Barcelona: Arte y Letras
- ARAMBURU-ZABALA, Miguel Ángel (2000). La iglesia de Santa María de Puerto en Santoña. Monte Buciero, núm. 5
- BAUDRILLART, Alfred (1938). Dictionnaire d'histoire et de géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2007). Enciclopedia del Románico en Cantabria. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- GRIJUELA GIL, Carmen(2016). Los documentos reales y monásticos del cartulario de Santa María del Puerto de Santoña. Altamira, núm. 87
- LINAGE CONDE, Antonio (1973). Los orígenes del monacato benedictino en la Península Ibérica, vol. II. León: C. E. San Isidoro
- SERRANO Y SANZ, Manuel (1918). Cartulario de la iglesia de Santa María del Puerto (Santoña). Boletín de la Real Academia de la Historia, vol. 73
- YEPES, Antonio de (reed. 1960). Crónica General de la Orden de San Benito. Vol. II. Madrid: Atlas
Santa María de Puerto és al centre de Santoña, una vila situada a la costa cantàbrica, a l’est de Santander