El monestir de Santa María la Real de Nájera es va fundar en època de Garcia Sanxes III el de Nájera (c1020-1054). Segons la tradició, mentre caçava, aquest monarca va trobar una cova on hi havia una imatge de la Mare de Déu amb un ram de flors i una campana. A causa d'aquest fet extraordinari, el rei va decidir aixecar una església, que es va fundar el 1052 amb presència del mateix fundador, Garcia el de Nájera, la seva esposa, Estefania de Foix, i altres monarques: Ferran I de Lleó, Ramir I d'Aragó i el comte Ramon Berenguer I de Barcelona.
En el moment de la fundació, també es va dotar la casa amb béns i privilegis suficients per al seu sosteniment econòmic. Es va procedir a la instauració d'una canònica que havia de tenir cura de les necessitats dels clergues que formaven part del capítol episcopal de Calahorra, que en aquell moment residia a Nájera i a Albelda, a causa de la inestabilitat del territori. Entre els anys 1076 i 1079, Alfons VI va donar Santa María de Nájera a Cluny, d'acord amb els nous corrents que s'estenien per Europa, la comunitat de canonges fou substituïda per una de benedictina, en la que sembla que hi havia una àmplia representació de monjos de territori francès. L'oposició del bisbe i els seus canonges a aquests canvis es va allargar temporalment i no es va poder solucionar fins ben entrat el segle XIII.
Els litigis, entre altres raons, van contribuir a la decadència del monestir, que també va perdre la influència cluniacenca en el bisbat. La comunitat benedictina passava a estar sotmesa al bisbe. La decadència es va agreujar i es va estendre en els segles XIII i XIV, fins i tot arribant a l'estat de ruïna material de les dependències monàstiques, de les que no es va recuperar fins al segle XV, el 1486 es va desvincular de Cluny i el 1513 va passar a formar part de la Congregación de San Benito de Valladolid, que va acabar d'impulsar i recuperar el monestir, fins al segle XIX, quan la guerra del Francès, el va tornar a afectar, resultant ocupat i saquejat. Fou suprimit el 1835, amb la desamortització, els monjos el van abandonar i fou víctima de més saqueigs. Després el lloc va passar a tenir diversos usos, des del 1895 és ocupat per una comunitat de franciscans.
El monestir conserva una llarga sèrie d’enterraments de personatges il·lustres, des dels fundadors (Garcia el de Nájera i la seva esposa Estefania de Foix), el seus fills Sanç Garcés IV (i la seva esposa Placencia), Ramir de Navarra (?-1083) i Ramon de Navarra (?–c1079). Sanç Garcés II de Pamplona (c935-994) i la seva esposa Urraca de Castella (c935-c1007). Blanca de Navarra (c1135-1156). Beremund III de Lleó (1017-1037). Sança de Castella (c1130-1177). Sanç VI el Savi, de Navarra (1132-1194).
Es conserva la cova excavada a la roca, la part més antiga del conjunt i que seria l'escenari de la història de la fundació de l'església. Aquí es conserva una imatge gòtica de la Mare de Déu. Davant aquesta cova es troba el Panteó Reial, amb els sepulcres dels monarques esmentats, obra del segle XVI. El conjunt es complementa amb una àmplia sèrie d'enterraments de nobles. Cal destacar el sepulcre de Blanca de Navarra, obra del segle XII, esplèndidament decorada. L'església, de tres naus, és obra del segle XV, conserva un retaule barroc del segle XVII que conté l'antiga imatge romànica de Santa María la Real. També es conserva en bon estat el cadirat del cor (1493-1520). El claustre és una obra de grans dimensions, iniciat cap al 1517. Aquí es conserven els sepulcres de Diego López de Haro i la seva esposa. A la galeria de llevant hi ha la Puerta de los Reyes, que comunicava amb el refetor i la sagristia. També des del claustre es pot accedir a la capella de la Veracruz, amb més enterraments.
- BARRÓN, Aurelio Á. (2018). La galilea y el panteón real de Nájera: Juan Martínez de Mutio, Alonso Gallego y Arnao de Bruselas. BSAA Arte, núm. 84
- CANTERA, Margarita (1982). Santa María la Real de Nájera, fundación y primeros tiempos. En la España medieval, núm. 2
- CANTERA, Margarita (1985). Santa María de Nájera, un monasterio cluniacense de La Rioja. Segundo Coloquio sobre Historia de La Rioja. Vol. 1
- CANTERA, Margarita (2001). Santa María la Real de Nájera en la Edad Media. I Semana de Estudios Medievales. Nájera
- FERNÁNDEZ, Francisco (1994). Ruina y abandono en torno al monasterio de Santa María la Real de Nájera. Berceo, núm. 126
- GARCÍA GUINEA, Miguel A.; i altres (2008). Enciclopedia del Románico, La Rioja. Fundación Santa María la Real, Centro de Estudios del Románico
- GARRÁN, Constantino (1909). Santa María la Real de Nájera, monumento histórico-artístico nacional. Sòria: Tierra Soriana
- GÓMEZ-CHACÓN, Diana Lucía (2022). El monasterio de Santa María de Nájera en el siglo XV, promoción artística y proceso constructivo. Anuario de Estudios Medievales, núm. 52
- MONTERRUBIO, Rosa (2001). Santa María la Real de Nájera. Lleó: Edilesa
- REGLERO, Carlos M. (2009). La Crónica najerense, Santa María de Nájera y Cluny. e-Spania, 7