San Salvador de Lérez es un monasterio de origen antiguo. Se tiene constancia de que en el año 916 el abad Guntado recibió privilegios y exenciones de Ordoño II, según un documento que podría ser apócrifo. En el año 1169, Fernando II lo cedió a la mitra de Santiago. A lo largo de los siglos, hasta el XIII, se documentan diversas donaciones y privilegios concedidos por diferentes monarcas a favor del monasterio.
En una visita de finales del siglo XV, consta que el establecimiento contaba con cinco monjes y un abad, quien fue destituido debido a la conducta poco apropiada de la comunidad. Esta destitución dio lugar a un litigio que no se resolvió hasta 1540, cuando el abad renunció al cargo a cambio de una renta vitalicia. En 1570, el monasterio se integró en la Congregación de Valladolid y fue convertido en colegio benedictino. Con la desamortización, el monasterio fue suprimido y exclaustrado en 1835. Un exmonje se hizo cargo de la iglesia, con funciones parroquiales. Las estructuras monásticas y la iglesia fueron reconstruidas completamente a partir del siglo XVI, si bien se conservan algunas inscripciones fragmentarias de su primera época.
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