Els franciscans s'haurien establert a Xàtiva l'any 1294 amb el suport de Jaume el Just, aixecant un convent extramurs. Tot i això, l'any 1244, quan Jaume I va conquerir Xàtiva, va desenvolupar una tasca de fundació de cases monàstiques a la vila, en aquest sentit hi ha constància del lliurament de terrenys als franciscans el 1248 amb la finalitat de bastir un monestir i encara notícies indirectes d'aquesta fundació, l'any 1244. Potser l'establiment va patir retards, perquè no és fins al 1279 que hi consta la presència dels framenors. És possible les dates anteriors al 1294 corresponien a actuacions que no haurien tingut continuïtat.
El 1311, la construcció de la casa estaria prou avançada per permetre la celebració d'un capítol provincial. El 1362 es va ordenar el seu enderroc perquè no es pogués utilitzar com a bastió militar, es va reconstruir a l'interior de la ciutat entre els anys 1366 i 1377, tot i que no es va completar fins més endavant. El 1503 el convent va adoptar la reforma observant. El 1616 es va celebrar un altre capítol provincial de l'orde en aquest lloc. Com la resta de la població, es va veure afectat el 1707 per la guerra de Successió i, encara, el 1748 per un terratrèmol. Anteriorment, ja s'havien fet reformes en l'edifici de l'església i en el segle XVIII es va adaptar a les noves formes arquitectòniques, conservant l'estructura original. Després de patir durant la guerra del Francès, fou suprimit el 1835. El convent es va destinar a caserna, però l'església va poder recuperar el culte, després de la guerra Civil es va destinar a sala de cinema, però s'ha pogut recuperar i restaurar. La resta del convent es va perdre, el solar que ocupava es va edificar.
- MARTINEZ COLOMER, Vicente (1803). Historia de la provincia de Valencia de la regular observancia de S. Francisco. Valencia: Fauli
- MOCHOLÍ, María Elvira (2007). Claves de bóveda del convento de San Francisco de Xàtiva. Exposició La Llum de les Imatges. Lux Mundi. Xàtiva 2007. Generalitat Valenciana
- PASCUAL MONTELL, Vicente G. (2020). El convent de Sant Francesc de Xàtiva. Ajuntament de Xàtiva
- PÉREZ GIMÉNEZ, Juan Ignacio (2006). La Iglesia de san Francisco después de muchos años cerrada se abre de nuevo al culto. Xàtiva: Caminem Junts
- WEBSTER, Jill R. (2000). Els franciscans catalans a l'edat mitjana. Lleida: Pagès Ed.