El monasterio de Santa Maria de la Murta tiene su origen en un asentamiento eremítico, circunstancia común en otros monasterios jerónimos de la primera época. Además de la fundación jerónima castellana que se desarrolló en Lupiana (Guadalajara), en este territorio surgieron dos grupos de eremitas, este de la Murta y el de la Plana de Xàbia (la Marina Alta).
El asentamiento eremítico de la Murta, o del valle de Miralles, ya estaba en pleno funcionamiento en el año 1357 y disponía de un terreno cedido por Arnau Serra donde se habían levantado once ermitas con sus ocupantes, uno de ellos, Pere Barreda, los encabezaba de alguna manera. Fue en aquella fecha de 1357 cuando consiguieron de Pedro IV una licencia para levantar un monasterio en el valle, el 1369, el mismo Pedro ponía el monasterio bajo su protección. El 1374 se aprobó la fundación del monasterio jerónimo de Xàbia otorgando también licencia para ampliarse con otros monasterios, algunos monjes de la Murta profesaron en Xàbia mientras avanzaban en el asentamiento de su propio monasterio.
Finalmente, el 1376 se hizo la donación de la Murta a Xàbia para establecer definitivamente un monasterio jerónimo, de este acuerdo entre los jerónimos y las autoridades eclesiásticas quedó fuera Pere Barreda, que continuó con su actividad eremítica, manteniendo su ermita, que no pasaría al monasterio hasta su muerte. El 1386 la casa de Xàbia fue víctima de un ataque de los piratas berberiscos y sus monjes encarcelados, el incipiente monasterio de la Murta se vio afectado y el impulso definitivo no llegaría hasta el 1401, después de la liberación de los monjes secuestrados y de su establecimiento em Cotalba, desde donde se reforzó esta comunidad y empezó la construcción del nuevo monasterio sobre algunas de las antiguas ermitas. Durante el siglo XV se pudo levantar la nueva casa gracias al apoyo de la nobleza local.
En el siglo siguiente se dio un nuevo impulso constructivo y se empezó a construir una nueva iglesia, pero la obra no se pudo terminar hasta que en el siglo XVII comenzó una nueva etapa constructiva y también se fueron instalando los retablos y otro mobiliario. En el siglo XVIII se trabajaba en las dependencias anexas al monasterio, hospital, etc. Ya en el siglo XIX, la casa sufrió los efectos de la guerra de la Independencia, la supresión temporal durante el Trienio Liberal y en 1835, la expulsión definitiva de la comunidad. En 1838 el lugar pasó en manos de particulares y se procedió a su desmantelamiento con el fin de aprovechar los materiales para otras construcciones. A finales del siglo XIX ya estaba en ruinas, ocupadas por la vegetación. En los años ochenta del siglo XX, el ayuntamiento consiguió la propiedad del lugar y desde los años noventa se trabaja en su estudio, conservación y recuperación.
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