Le prieuré de Saint-Jean-de-Côle fut fondé par l’évêque de Périgueux, Raynaud de Thiviers (1081-1101), avant son départ pour la Terre sainte, où il mourut. À l’origine, l’établissement accueillait une communauté de clercs chargés des paroisses voisines, qui adoptèrent la vie régulière sous la règle de saint Augustin.
En 1192, le prieuré avait déjà accumulé un patrimoine important. Cette année-là, le pape Célestin III confirma ses possessions et le plaça sous sa protection. À la fin du XIVe siècle et au début du XVe, le prieuré fut victime des guerres contre les Anglais, ce qui entraîna la ruine des bâtiments monastiques et, probablement, la dispersion temporaire des chanoines. La restauration s’étala sur une longue période et, plus tard, le prieuré subit encore les ravages des guerres de Religion.
Au XVIe siècle, le prieuré passa sous administration commendataire et, en outre, les seigneurs locaux de La Marthonie intervinrent, devenant pratiquement ses propriétaires et le gérant selon leurs intérêts. Entre 1635 et 1669, une réforme fut introduite, et le prieuré intégra la congrégation de Sainte-Geneviève. Au XVIIIe siècle, il entra en déclin, et les chanoines se limitaient presque exclusivement à administrer leurs paroisses. Lors de la Révolution française, le prieuré fut fermé et ses biens vendus. Au cours de cette période, une grande partie des archives, qui avaient survécu aux conflits précédents, furent perdues. Depuis 1801, l’église conserve une fonction paroissiale.
L’église Saint-Jean est une construction singulière, résultant de diverses interventions sur un édifice du XIIe siècle. La nef a un plan polygonal avec trois absides : la principale est orientée à l’est et les deux autres sont disposées obliquement. À l’origine, cette nef était couverte d’un grand dôme, qui dut être reconstruit à plusieurs reprises jusqu’à ce qu’en 1860, il soit remplacé par une structure plate en bois. Parmi les vestiges des anciennes dépendances du prieuré, le cloître du XVIe siècle se distingue particulièrement. À côté de l’église se trouve le château de La Marthonie.
- BESSE, J.-M. (1910). Abbayes et prieurés de l'ancienne France. Vol. 3: Provinces ecclésiastiques d'Auch et de Bordeaux. Abbaye de Ligugé
- BOSREDON, Ph. de (1874). Liste des abbés qui ont gouverné les anciennes abbayes de la province du Périgord. Bulletin de la Société historique et archéologique du Périgord. Périgueux: Dupont
- DESHOULIÈRES, François (1928). Saint-Jean-de-Côle. Congrès archéologique de France 90e session. Périgueux. París: Société française d'archéologie
- GRILLON, L.; i altres (1981). Saint-Jean-de-Côle village médieval en Périgord Vert. Thiviers: Virmouneix
- LAUGARDIÈRE, R. de (1878). Essais topographiques, historiques et biographiques sur l'arrondissement de Nontron. Commune de Saint-Jean-de-Côle. Bulletin de la Société historique et archéologique du Périgord, núm. 5
- PAULIN, R. P. (1881). Histoire de Saint-Jean-de-Cole (en Périgord), depuis la fondation de l'église (1080) jusqu'à nos jours. Avignon: Seguin
- PROUST, Évelyne (1999). L'église Saint-Jean-de-Côle. Congrès archéologique de France. 156e session. Périgord. Paris, Société archéologique de France
- SECRET, Jean (1968). Périgord roman. La nuit des temps, núm. 27. Zodiaque
- VERNEILH, Félix de (1851). L'architecture byzantine en France. París: Didron