L’abbaye de Sainte-Croix est d’origine ancienne. On pense qu’un établissement monastique existait déjà à cet endroit dès le VIe siècle, bien qu’aucune preuve documentaire n’apparaisse avant l’année 643, lorsqu’une pierre tombale la relie à saint Mommolin († 678), traditionnellement considéré comme abbé de Saint-Benoît-sur-Loire (Loiret). Selon la tradition, Mommolin serait mort ici, où il fut enterré et vénéré.
Ce premier monastère fut détruit lors d’un raid sarrasin. Il fut restauré à l’époque carolingienne, mais à nouveau ruiné au IXe siècle, cette fois en raison d’une invasion normande. Le monastère de Sainte-Croix fut reconstruit grâce à l’intervention du comte Guillaume Sanche de Gascogne (977-996), qui, en plus de le doter et de le protéger, y introduisit la règle de saint Benoît. L’abbaye devint un centre de pouvoir important, avec un vaste réseau de prieurés dépendants, tels que Saint-Macaire et Notre-Dame de Soulac.
Au cours du XIIIe siècle, l’abbaye connut une période de splendeur maximale. À partir de 1302, le monastère, qui jusqu’alors était situé hors les murs, fut intégré dans le nouveau périmètre fortifié et protégé. La vitalité de la communauté monastique fut interrompue avec l’introduction du régime de commende : en 1435, le premier abbé commendataire, Henri-François Cavier, fut nommé. Ce système entraîna un relâchement notable de la discipline et un manque d’entretien des bâtiments, ce qui affecta profondément l’ensemble monastique. En 1627, la congrégation de Saint-Maur entreprit une restauration monastique et se chargea également de la construction de nouvelles dépendances.
Après la Révolution française, entre 1794 et 1887, le monastère abrita un hospice, et depuis 1880, il accueille l’École des Beaux-Arts. Certaines structures, comme le cloître, furent perdues. Quant à l’église, elle acquit le statut exclusif de paroisse et subit les effets de restaurations excessives, qui modifièrent l’aspect de sa façade et de sa décoration.
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Monasticon Gallicanum
Bibliothèque nationale de France
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D'après l'Armorial général de France, XVIIIe siècle
Bibliothèque nationale de France
- BEAUNIER, Dom (1910). Abbayes et prieurés de l'ancienne France. Vol. 3: Auch, Bordeaux. Abbaye de Ligugé
- BRUTAILS, Jean-Auguste (1912). Les vieilles églises de la Gironde. Bordeus: Feret et Fils
- CHAULIAC, A. (1910). Histoire de l'abbaye Sainte-Croix de Bordeaux. Ligugé, París
- COTTINEAU, Laurent-Henri (1936). Répertoire topo-bibliographique des abbayes et prieurés. Vol. 1. Mâcon: Protat
- DUBOURG-NOVES, Pierre (1969). Guyenne romane. La Pierre-qui-Vire: Zodiaque
- MASSON, André (1941). Église Sainte-Croix. Congrès rchéologique de France. CII session. Bordeaux el Bayonne. París: Picard
- PARDIAC, Jean-Baptiste (1855). Saint Mommolin, patron des Bordelais. Bordeus: Ragot
- PEIGNÉ-DELACOURT, Achille (1877). Monasticon Gallicanum. Paris: G. Chamerot
- SAINT-MAUR, Congregació de (1720). Gallia Christiana in provincias ecclesiasticas distributa. Vol. 2. París: Typographia Regia