La abadía femenina de Notre-Dame de Nevers habría sido fundada en el año 624 por el monje Babolein, abad de Saint-Maur (Val-de-Marne). Este personaje es conocido por una narración de su Vita, redactada en el siglo XII. Si se considera también la existencia del monasterio de Saint-Étienne, en aquella época habrían coexistido en la ciudad de Nevers dos establecimientos femeninos vinculados a la regla de San Columbano. Sin embargo, no puede descartarse que se tratara de un mismo establecimiento. Este primer monasterio habría desaparecido en el siglo VIII, posiblemente a causa de una incursión musulmana.
El monasterio fue restaurado en el año 849 por Hériman, obispo de Nevers, y puesto bajo la advocación de Saint-Genès, al tiempo que se introducía la regla de San Benito. El obispo fue enterrado en el monasterio. Un diploma del año 887, expedido por el rey Carlos III el Gordo (839-888), confirmaba sus posesiones. A partir de 1121, durante el episcopado de Fromond, el establecimiento fue reconstruido. Por otra parte, allí se veneraban las reliquias de san Reverianus († 273), obispo de Autun, a quien la tradición considera martirizado en este lugar. El monasterio había sido construido extramuros, pero más adelante las nuevas defensas de la ciudad lo incluyeron dentro del recinto amurallado.
En 1478 el monasterio fue víctima de un incendio, que obligó a reconstruir una parte. Más adelante se emprendió una reforma de la observancia y, en 1540, la abadía se incorporó a la congregación de Chezal-Benoît. Esta afiliación le permitió conservar la libre elección de la abadesa y evitar el régimen comendatario. A mediados del siglo XVI la comunidad fue afectada por una epidemia de peste y las monjas tuvieron que refugiarse fuera del monasterio. También sufrió las consecuencias del paso de los hugonotes por el territorio. En 1636 la congregación de Chezal-Benoît se unió a la de Saint-Maur, a la que también se incorporó la abadía. En 1668 adoptó las costumbres de la congregación de Cluny.
Ilustración de Abbaye des religieuses bénédictines de Notre-Dame-de-Nevers (1902)
La abadía fue suprimida en 1790 a raíz de la Revolución, cuando la comunidad estaba formada por doce monjas. Actualmente quedan pocos vestigios. Además de los restos de la iglesia abacial, se conserva la capilla de Saint-Michel, de pequeñas dimensiones y muy modificada. Su portada estaba coronada por un tímpano que representaba a san Miguel venciendo al demonio, actualmente conservado en el Museo del Louvre. También se conserva, restaurada, la sala capitular gótica (s. XIII). Asociada al monasterio se encontraba la antigua parroquia medieval de Saint-Genest, muy modificada.
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