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Este monasterio fue fundado por san Secuano (Séquane, Sigo o Seine) un personaje nacido en estas tierras hacia el 514, ingresó en la abadía de Saint-Jean-de-Réome (Côte d'Or) pero el 536 se retiró a Scestre, una propiedad familiar situada en una zona entonces aislada donde más adelante se establecería este monasterio de Sainte-Marie de Scestre gracias a los seguidores que reunió a su alrededor influenciados por su personalidad y por los episodios milagrosos que se le atribuían. Aquel primitivo monasterio sería seguidor de las costumbres de san Macario de Alejandría, empleadas también en Réome. El fundador murió en este lugar el 581. En el año 650 el abad de Scestre visitó la abadía de Luxeuil (Alto Saona) donde se practicaba la Regla de San Columbano, su fundador, para conocer sus prácticas y adoptarla. El 658 el establecimiento quedaría en ruinas a causa de una invasión en la que se perdieron los archivos, lo que obligaría a la comunidad a solicitar de Clotario III la confirmación de sus bienes. El 731 la casa quedaría afectada de nuevo por una invasión, ahora los sarracenos.

Witiza (Benito de Aniano, c750-821) tomó el hábito y se formó en este monasterio de Saint-Seine adoptando el nombre de Benito, fue el gran reformador del monacato occidental, el 780 dejó este monasterio para establecerse a Aniane (Hérault) desde donde empezó a aplicar su reforma benedictina y difundirla con el apoyo de Luis el Piadoso. Durante los siglos IX y X el monasterio pasó por una época de decadencia de la que no hay detalles, seguramente entraría en la órbita de Cluny como otros monasterios de la región. Hay que esperar hasta el siglo XIII para encontrar una nueva época de prosperidad, en 1205 comenzaba la construcción de una nueva iglesia, también es en estos tiempos que se pierde definitivamente el nombre de Scestre que queda sustituido por el de Saint-Seine empleado desde finales del siglo IX. El 1508 se designa Antoine de Vienne, el primer abad comendatario de la casa. Durante la segunda mitad del siglo XVI sufriría los efectos de las guerras de Religión, aunque nunca fue ocupado, el monasterio se vio afectado económicamente. En 1648 se incorporó a la congregación de Saint-Maur, lo que significó un nuevo relanzamiento tanto en su economía como en la regularidad. La actividad monástica quedó interrumpida en 1791 a raíz de la Revolución, después vendrían las pérdidas materiales. Durante el siglo XIX comenzaron las restauraciones de la iglesia.

La abadía se encuentra en el centro de Saint-Seine-l'Abbaye (Côte d'Or) al noroeste de Dijon