Au milieu du Ve siècle, Germain (vers 380-448), évêque d’Auxerre, fonda dans cette ville une chapelle dédiée à saint Maurice d’Agaune, où il déposa quelques reliques du saint titulaire. À sa mort, le fondateur fut inhumé en ce lieu, qui accueillit également les sépultures d’autres évêques du diocèse. Avec le temps, une basilique funéraire dédiée au culte de Germain, alors vénéré comme saint, s’y développa.
Au VIe siècle, Clotilde (vers 474-vers 545), veuve de Clovis Ier († 511), fit construire une grande basilique sur le tombeau de saint Germain. Au cours des siècles suivants, l’édifice fit l’objet de plusieurs agrandissements et transformations. Il est attesté qu’aux VIe et VIIe siècles, l’église était desservie par une communauté de clercs. Par la suite, cette communauté adopta une règle monastique, dont quelques témoignages sont conservés. Au premier quart du VIIIe siècle, la présence de moines en ce lieu est déjà bien documentée. Parallèlement, la popularité de saint Germain grandissait et de nombreux miracles lui étaient attribués.
L’abbaye se développa rapidement et, au VIIIe siècle, cessa de dépendre du pouvoir épiscopal pour passer sous l’autorité des rois francs. Ceux-ci exercèrent une forte influence sur l’établissement, dont ils favorisèrent le développement économique et l’accumulation d’un patrimoine considérable. À l’époque carolingienne, notamment sous le règne de Charles le Chauve (840-877), d’importants travaux d’amélioration furent entrepris dans la basilique funéraire, et le monarque accorda également des privilèges au monastère. C’est à cette époque que fut entreprise la construction d’une nouvelle crypte destinée à accueillir le tombeau de saint Germain, à la suite d’un événement miraculeux impliquant Conrad, beau-frère de Louis le Pieux.
À la fin du IXe siècle, Auxerre subit une offensive normande qui toucha également le monastère. Vers l’an 990, l’abbaye traversait une période de déclin et, grâce à l’intervention de Maïeul de Cluny (910-994), se rapprocha de la réforme clunisienne. Elle s’y rattacha officiellement en 1100, mais retrouva son indépendance en 1256. À partir de 1277, une longue série de travaux fut entreprise au cours des siècles suivants, touchant aussi bien l’église que les autres bâtiments monastiques. François de Beaujeu, dernier abbé régulier, mourut en 1539 et, l’année suivante, Louis de Lorraine fut nommé premier abbé commendataire de la maison.
En 1567, l’établissement subit les effets dévastateurs du passage des protestants pendant les guerres de Religion, au cours duquel les reliques de saint Germain furent perdues. En 1629, la congrégation de Saint-Maur prit en charge l’abbaye, qui se trouvait alors dans une période de déclin, situation courante dans de nombreux établissements monastiques de cette époque. L’abbaye fut supprimée entre 1790 et 1793 et, en 1810, les bâtiments furent transformés en hôpital. Au cours de la seconde moitié du XXe siècle, l’ensemble passa aux mains de la municipalité, ce qui permit d’entreprendre son étude archéologique et historique.
Extrait d'un manuscrit contenant des textes du moine Haymon d'Auxerre (Xᵉ-XIᵉ siècles)
Bibliothèque nationale de France
Germain naquit près d’Auxerre, au sein d’une famille gallo-romaine. Il fit ses études à Rome puis retourna en Gaule, où il exerça les fonctions de gouverneur de plusieurs provinces. Après être entré en conflit avec Amatre († 418), évêque d’Auxerre, il se convertit au christianisme sous son influence. Amatre le désigna comme son successeur à la tête du diocèse. Au cours de son épiscopat, Germain fonda le monastère de Saint-Marien d’Auxerre, aujourd’hui disparu. Il mena une intense activité pastorale et politique, intervenant dans des conflits ecclésiastiques au sein d’autres diocèses ainsi que dans des affaires séculières. Il mourut à Ravenne en 448 et son corps fut transféré à Auxerre, où il fut inhumé.
L’ensemble architectural conservé aujourd’hui résulte des nombreuses interventions réalisées depuis la construction de la première basilique de Clotilde, au VIe siècle. Un atrium fut ajouté aux VIIe et VIIIe siècles. Au IXe siècle, l’édifice subit une transformation radicale, avec la construction d’une rotonde au-delà du chœur et la reconstruction complète de ce secteur. Au XIe siècle, l’église fut entièrement reconstruite : elle passa d’un plan basilical simple à un plan à cinq nefs avec transept, tandis que l’atrium était conservé et intégré à l’édifice.
D’autres bâtiments monastiques devaient également exister au cours de ces premières périodes, mais les premiers dont l’existence est attestée par des documents datent du XIIe siècle : la sacristie, la salle capitulaire et la bibliothèque, ainsi qu’une tour-clocher. En raison de la dégradation de l’église, aggravée par un incendie, une nouvelle campagne de reconstruction fut entreprise à partir de 1277, donnant naissance à l’édifice actuel. Le cellier date également de cette époque. Avec l’arrivée de la congrégation de Saint-Maur furent édifiés les derniers bâtiments, principalement le cloître et le logis abbatial.
Après la Révolution, le narthex et les premières travées des nefs furent démolis, transformant cette partie de l’édifice en un espace ouvert où seul fut conservé le clocher Saint-Jean. La crypte est également préservée ; il s’agit d’une construction complexe, résultant des différentes interventions dont elle a fait l’objet.
Manuscrit contenant des textes du moine Haymon d'Auxerre (Xᵉ-XIᵉ siècles)
Bibliothèque nationale de France
Monasticon Gallicanum (1677-1710)
Bibliothèque nationale de France
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