Vers 860, Girart de Roussillon (ou Girart de Vienne, vers 810-877) fonda deux monastères bénédictins : celui de Saint-Pierre-et-Saint-Paul de Pothières (Côte-d’Or), qui abritait une communauté masculine, et un autre dans l’actuelle commune de Saint-Père (Yonne), occupé par des moniales. Girart était un personnage lié à la monarchie carolingienne et le beau-frère de Lothaire Ier (795-855).
On connaît une bulle du pape Nicolas Ier, datée d’environ 863, qui plaçait la fondation sous l’autorité directe du Saint-Siège. Avant 877, les moniales furent remplacées par une communauté masculine, probablement composée de moines provenant de l’abbaye Saint-Martin d’Autun (Saône-et-Loire). Une bulle du pape Jean VIII, datée de 878, mentionne Eudes comme premier abbé. Le monastère ne subsista pas à cet emplacement, puisqu’il fut détruit par une incursion normande en 887. Cette fondation fut à l’origine de l’abbaye Sainte-Marie-Madeleine de Vézelay, vers laquelle la communauté se déplaça, dans un site plus protégé et fortifié. Le transfert fut engagé la même année, bien que certains indices montrent que la construction du nouveau monastère avait déjà commencé auparavant.
Les reliques de sainte Marie-Madeleine étaient vénérées à l’abbaye de Vézelay. Une tradition situe leur arrivée à l’époque de Charlemagne, tandis qu’un autre récit rapporte qu’elles auraient été obtenues en 882, après avoir été dérobées lors d’une incursion sarrasine qui affecta le sanctuaire de la Sainte-Baume (Var). Selon la tradition, Marie-Madeleine aurait passé les dernières années de sa vie dans ce lieu, où elle aurait également été enterrée. En 1058, le pape reconnut officiellement les reliques. À cette époque, le monastère abandonna le vocable de Sainte-Marie pour celui de Sainte-Marie-Madeleine.
Au milieu du XIe siècle, sous l’abbatiat de Boniface (1052-1075), l’abbaye entra dans l’orbite de Cluny (Saône-et-Loire), malgré l’opposition d’une partie de la communauté. Elle devint également une étape importante sur le chemin de Saint-Jacques-de-Compostelle. Sa prospérité permit de construire une nouvelle église en remplacement de la précédente. Les travaux, entrepris à l’initiative de l’abbé Artaud, en fonction de 1096 à 1106, aboutirent à la consécration de l’édifice en 1104. À la suite d’un incendie, l’église fut reconstruite entre 1120 et 1140. Le pape Innocent II consacra le narthex en 1132. Un second incendie détruisit le chevet en 1165, qui fut reconstruit à la fin de ce siècle.
En 1279, les autorités ecclésiastiques retirèrent leur reconnaissance aux reliques de Marie-Madeleine conservées à Vézelay et reconnurent comme authentiques celles qui étaient vénérées à la Sainte-Baume. Ces reliques furent transférées à Saint-Maximin (Var), qui devint dès lors le principal centre de dévotion à la sainte. Cette évolution entraîna une diminution du nombre de pèlerins et le déclin de Vézelay. En 1537, l’abbaye fut sécularisée et transformée en collégiale, mettant fin à la vie monastique. En 1569, pendant les guerres de Religion, le site fut attaqué et pillé. Lors de la Révolution française, les bâtiments et les œuvres d’art subirent de nouveaux dommages, et l’église devint une église paroissiale.
Au XIXe siècle, Viollet-le-Duc intervint dans la restauration de l’édifice. En 1840, celui-ci fut classé monument historique, ce qui contribua à assurer sa conservation. Depuis 1920, il porte le titre de basilique. Son importance artistique en a fait une destination touristique majeure. L’église est un remarquable édifice roman, datant essentiellement du XIIe siècle, bien que certaines parties aient été reconstruites. La façade occidentale résulte des remaniements du XIIIe siècle et des restaurations du XIXe siècle, tandis que le portail est néo-roman. Celui-ci donne accès à un narthex de plan presque carré, dont les voûtes sont soutenues par quatre colonnes.
Le narthex comporte trois portails richement décorés donnant accès à l’église. Le portail central présente un tympan représentant le Christ entouré de plusieurs personnages, tandis que saint Jean-Baptiste figure sur le trumeau. Il est flanqué de deux portails plus petits, ornés de scènes historiées. L’église comporte trois nefs divisées en dix travées. Les piliers qui soutiennent les voûtes sont pourvus de colonnes engagées et de chapiteaux.
Le transept ne dépasse pas la largeur des nefs. À l’est, l’église se termine par un chevet de la fin du XIIe siècle, avec le chœur entouré d’un déambulatoire doté de neuf chapelles rayonnantes. Une crypte se trouve sous le chevet. Au sud de l’église se conserve la salle capitulaire, également médiévale. À Saint-Père, certaines structures du premier monastère féminin subsistent par ailleurs ; elles ont été édifiées sur des constructions de l’Antiquité tardive.
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