A mitjan segle V, Germà (c. 380-448), bisbe d’Auxerre, va fundar en aquesta ciutat una capella dedicada a sant Maurici d’Agaune, on va dipositar algunes relíquies del sant titular. A la seva mort, el fundador fou enterrat en aquest lloc, que també va acollir els sepulcres d’altres bisbes de la diòcesi. Amb el temps, s’hi va desenvolupar una basílica funerària dedicada al culte de Germà, venerat com a sant.
Al segle VI, Clotilde (c. 474-c. 545), vídua de Clodoveu I († 511), va fer construir una gran basílica sobre la tomba de sant Germà, que durant els segles següents seria objecte de diverses ampliacions i modificacions. Hi ha constància que, durant els segles VI i VII, l’església estava servida per una comunitat de clergues. Posteriorment, aquesta comunitat va adoptar una regla monàstica, de la qual es conserven algunes referències. Durant el primer quart del segle VIII, la presència de monjos en aquest lloc ja està ben documentada. Paral·lelament, creixia la popularitat de sant Germà, a qui s’atribuïen nombrosos miracles.
L’abadia es va desenvolupar ràpidament i, al segle VIII, va deixar de dependre del poder episcopal per passar sota el domini dels reis francs. Aquests exercien una forta influència sobre l’establiment, del qual afavoriren el desenvolupament econòmic i l’acumulació d’un patrimoni notable. Durant l’època carolíngia, especialment sota el regnat de Carles el Calb (840-877), es van emprendre importants obres de millora a la basílica funerària, i el monarca també va concedir privilegis al monestir. En aquesta mateixa època es va promoure la construcció d’una nova cripta per acollir el sepulcre de sant Germà, arran d’un fet miraculós protagonitzat per Conrad, cunyat de Lluís el Pietós.
A finals del segle IX, Auxerre va patir una ofensiva normanda que també va afectar el monestir. Cap a l’any 990, l’abadia travessava una etapa de decadència i, amb la intervenció de Maiol de Cluny (910-994), es va apropar a la reforma cluniacenca. L’any 1100 s’hi va incorporar formalment, però el 1256 va recuperar la independència. A partir del 1277 es va iniciar una llarga sèrie d’obres que, al llarg dels segles següents, van afectar tant l’església com les altres dependències monàstiques. El 1539 va morir François de Beaujeu, el darrer abat regular, i l’any següent Louis de Lorraine fou nomenat primer abat comendatari de la casa.
El 1567, l’establiment va patir els efectes destructius del pas dels protestants durant les Guerres de Religió, moment en què es van perdre les relíquies de sant Germà. El 1629, la congregació de Saint-Maur es va fer càrrec de l’abadia, que aleshores es trobava en decadència, una situació habitual en molts centres monàstics d’aquell període. L’abadia fou suprimida entre els anys 1790 i 1793, i el 1810 els edificis es van destinar a hospital. Durant la segona meitat del segle XX, el conjunt va passar a mans del municipi, fet que va permetre impulsar-ne l’estudi arqueològic i històric.
D'un manuscrit amb textos del monjo Haymon d'Auxerre (s. X-XI)
Bibliothèque nationale de France
Germà va néixer prop d’Auxerre, en el si d’una família gal·loromana. Es va formar a Roma i, posteriorment, va retornar a la Gàl·lia, on va ocupar el càrrec de governador de diverses províncies. Després d’enfrontar-se amb Amatre († 418), bisbe d’Auxerre, es va convertir al cristianisme per influència d’aquest, que el va designar successor seu al capdavant de la diòcesi. Durant el seu episcopat va fundar el monestir de Saint-Marien d’Auxerre, avui desaparegut. Va mantenir una intensa activitat pastoral i política, intervenint en conflictes eclesiàstics d’altres diòcesis i en afers de caràcter secular. Va morir a Ravenna l’any 448, i el seu cos fou traslladat a Auxerre, on va ser enterrat.
El conjunt arquitectònic conservat actualment és el resultat de les nombroses intervencions efectuades des de la construcció de la primera basílica de Clotilde, al segle VI. Durant els segles VII i VIII s’hi va afegir un atri. Al segle IX, l’edifici va experimentar una transformació radical, amb la construcció d’una rotonda més enllà del presbiteri i la reconstrucció completa d’aquest sector. Al segle XI, l’església es va reconstruir totalment i va passar d’una planta basilical senzilla a una de cinc naus, amb transsepte i amb l’atri integrat dins l’edifici.
Durant aquestes primeres etapes també hi devia haver altres dependències monàstiques, però les primeres de les que es té constància documental daten del segle XII: la sagristia, la sala capitular i la biblioteca, a més d’una torre campanar. A causa del deteriorament de l’església, agreujat per un incendi, a partir del 1277 se’n va emprendre una nova reconstrucció, que va donar lloc a l’edifici actual. El celler també data d’aquesta època. Amb l’arribada de la congregació de Saint-Maur es van aixecar les darreres construccions, principalment el claustre i la casa de l’abat.
Després de la Revolució, es van enderrocar el nàrtex i els primers trams de les naus, de manera que aquella part de l’edifici es va convertir en un espai obert, on només es va conservar el campanar de Saint-Jean. També es conserva la cripta, una construcció complexa que és el resultat de les diverses intervencions de què ha estat objecte.
Manuscrit amb textos del monjo Haymon d'Auxerre (s. X-XI)
Bibliothèque nationale de France
Monasticon Gallicanum (1677-1710)
Bibliothèque nationale de France
- AUBERT, R. (1984). Dictionnaire d'histoire et de géographie ecclésiastiques. Vol. 20. París: Letouzey et Ané
- COTTINEAU, Laurent-Henri (1936). Répertoire topo-bibliographique des abbayes et prieurés. Vol. 1. Mâcon: Protat
- HENRY, Waast-Barthélemy (1853). Histoire de l’abbaye de Saint-Germain d’Auxerre. Auxerre: Gallot
- ISAÏA, Marie-Céline (2011). Noëlle Deflou-Leca, Saint-Germain d’Auxerre et ses dépendances (Ve-XIIIe siècle). Cahiers de recherches médiévales et humanistes
- PEIGNÉ-DELACOURT, Achille (1877). Monasticon Gallicanum. Paris: G. Chamerot
- SAINT-MAUR, Congregació de (1770). Gallia Christiana in provincias ecclesiasticas distributa. Vol. 12. París: Typographia Regia
- SAPIN, Christian; i altres (2000). Archéologie el architecture d’un site monastique. Auxerre: Ed. du CTHS
- SASSIER, Yves (1981). Quelques remarques sur les diplomes d'immunité octroyés par les Carolingiens a l'abbaye de Saint-Germain d'Auxerre. Bibliothèque de l'École des chartes, vol. 139/1
- TAYLOR, J.; i altres (1863). Voyages pittoresques et romantiques dans l'ancienne France. Bourgogne. París: Firmin Didot



































