Quelques éléments de l’histoire de l’abbaye de Saint-Genou sont connus indirectement grâce au récit des Miracles de saint Genou, rédigé par un moine de ce monastère au début du XIe siècle. Par la suite, les informations deviennent très rares en raison de la destruction des archives en 1580. En 828, le comte Wicfred de Bourges († 838) et son épouse Oda fondèrent et dotèrent une église dédiée à Notre-Dame au lieu-dit Strata (l’Estrée). En 830, Pépin Ier d’Aquitaine (v. 797-838) confirma cette fondation et lui accorda des privilèges. Il ne s’agissait probablement pas d’une simple église, mais plutôt d’une maison canoniale d’Aix.
À une date indéterminée, les mêmes personnages fondèrent ce monastère bénédictin, également à l’Estrée mais sur la rive de l’Indre, dédié à Saint-Sauveur ; son premier abbé fut Dodon († 853). En 843, le roi franc Charles le Chauve (823-877) confirma la fondation et les privilèges de ce second établissement qui accueillit peut-être les chanoines de l’Estrée. À proximité, au monastère de Selles-sur-Nahon (Indre), étaient conservés les tombeaux de saint Genou et de son père saint Genit, personnages que la tradition dit originaires de Rome et arrivés dans cette région au IIIe siècle après un séjour à Cahors, où Genou est considéré comme le premier évêque du diocèse.
L’abbé Mainard, successeur de Dodon, obtint de Charles le Chauve l’autorisation de transférer les reliques des saints à Saint-Sauveur de l’Estrée. Toutefois, en raison des invasions normandes, les reliques comme la communauté monastique trouvèrent temporairement refuge au monastère de Saint-Pierre-le-Moûtier (Nièvre). Lorsque la situation se stabilisa, elles purent regagner leur monastère, qui prit par la suite le vocable de Saint-Genou. Saint-Laurent de Palluau, situé à l’ouest de l’abbaye, était un prieuré dépendant de celle-ci. D’autre part, après le passage des Vikings, la chanoinie de l’Estrée avait disparu et, à partir du Xe siècle, ce lieu est attesté comme paroisse.
Vers 994 commença la construction d’un nouveau monastère où furent déposées de manière appropriée les reliques de saint Genou. L’église fut consacrée par les archevêques de Bourges et de Tours en 1066. À cette époque, le monastère connaissait une période de prospérité. Vers 1007, il put envoyer des moines pour la fondation de l’abbaye de Beaulieu-lès-Loches (Indre-et-Loire). Au XVe siècle, l’instauration du régime commendataire affecta la maison, qui entra en décadence. En 1673, l’abbé ordonna la destruction de la nef de l’église en raison de son mauvais état et parce qu’elle n’était plus nécessaire. En 1773, avant la Révolution, le monastère fut supprimé et l’église devint paroissiale.
Le monastère fut vendu en 1796, mais l’église retrouva par la suite sa fonction paroissiale et fut protégée. L’édifice est aujourd’hui profondément remanié ; il résulte des vicissitudes de son histoire et des importantes interventions réalisées dans la seconde moitié du XIXe siècle. De structure romane, il comprend une nef centrale terminée par une abside abritant le chœur, et deux bas-côtés. Il possédait autrefois un transept aujourd’hui disparu. L’église conserve une remarquable série de chapiteaux, mais les restaurations peu soigneuses effectuées sur nombre d’entre eux leur donnent une apparence presque neuve et en compliquent l’interprétation. L’ensemble peut être daté, à l’origine, des XIe et début du XIIe siècles.
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