Hi ha una tradició que diu que aquesta canònica agustiniana té el seu origen en un establiment ocupat per l’eremita Benet qui donaria el nom al lloc pel qual seria conegut posteriorment. Una altra tradició encara recula més l’origen d’aquesta casa i la posa al segle VI, vinculant-la a la propera abadia de Saint-Maurice d'Agaune (Valais, Suïssa). J.-B. Guillaume diu que la casa fou fundada el 1100 per Landry, senyor de Joux, i que la va dotar econòmicament, aquesta casa senyorial durant segles seria la protectora del monestir. La tradició també afirma que en els seus començaments la comunitat seria seguidora de la Regla de Sant Benet o de la de sant Columbà, però a partir de la intervenció de Landry de Joux aniria adoptant la Regla de Sant Agustí, formant una canònica regular que a partir del 1141 va tenir el títol d’abadia. En aquesta darrera data una butlla del papa Innocenci II conformava els seus béns.

Abadia de Montbenoît
Torre moderna (s XX)

Abadia de Montbenoît
Capçalera (1522-27)

Després d’una època de prosperitat, durant el segle XIV, Montbenoît va patir els efectes de les guerres, situació que es va veure agreujada per episodis de pesta. El 1508 fou instaurat el règim comendatari amb l’arribada de l’abat Ferri Carondelet (mort el 1528) que es va encarregar d’engegar les obres de reconstrucció de l’església, resultat de les quals és la capçalera que encara es conserva, adossada a la nau antiga. A mitjan del segle XVIII el seguiment de la regla dintre de la canònica s’havia relaxat ostensiblement i es va treballar per donar sortida a la situació fins que finalment el 1773 l’abadia fou secularitzada, mantenint una comunitat de sis religiosos, no regulars. El 1790, amb la Revolució, va perdre el seu caràcter religiós tot i que més endavant l’església va recuperar les funcions parroquials.

Abadia de Montbenoît
Interior de l'església

Abadia de Montbenoît
Interior de l'església

Abadia de Montbenoît
Interior de l'església