Aquesta casa de clarisses es troba esmentada per primer cop el 1266, poc després (1271) el papa Gregori X la va posar sota la seva protecció i el 1272 era elegida la seva primera abadessa. En aquell moment el monestir es trobava extramurs de la ciutat, a ponent d’aquesta. El 1461 hi van arribar monges coletines que havien de reformar aquest monestir, tot i que no fou fins el 1495 que es va fer realitat el canvi, de forma anàloga el 1566 les monges de Perpinyà van participar en la reforma de l’antic beateri de Santa Elisabet de Barcelona.

Pels volts de 1475 i arran dels enfrontaments bèl·lics que va patir Perpinyà, les monges es van veure obligades a abandonar el seu monestir i refugiar-se a l’interior de la ciutat, en diferents indrets com ara el convent de la Palmera. A causa de la fortificació de la ciutat aquest monestir s’havia d’enderrocar i hom va facilitar a les monges un establiment aixecat de nova planta prop del palau dels Reis de Mallorca, que es va inaugurar el 1550, data en que es van traslladar les monges des del convent de la Palmera al nou de la Passió.

El 1652, en el marc de l’ocupació francesa de Perpinyà, les monges foren expulsades de la casa refugiant-se a Santa Elisabet de Barcelona i no van poder tornar fins el 1660 quan la ciutat ja pertanyia a la corona francesa. A causa d'una sèrie de desavinences entre la comunitat i l’orde franciscà que mantenia arrels franceses, les monges van demanar passar a dependre de la diòcesi, i després de molts entrebancs els fou concedit el 1667. Protagonista d’aquesta època fou Anna Maria Antigó (1602-1676), abadessa de Perpinyà restauradora i reformadora de la casa tinguda de manera no oficial com beata. La casa monàstica va veure interrompuda la seva existència arran de la Revolució que va fer que el 1792 fossin expulsades les seves monges, i la comunitat es va dispersar. El monestir va tenir diversos usos, el més important com a presó, des del 1805 fins el 1986. Durant el primer quart del segle XIX es va aplegar de nou la comunitat de Santa Clara de Perpinyà, establint-se en diversos llocs fins que el 1878 hom va poder inaugurar un nou convent a l’altra riba del Tet, on foren traslladades també les relíquies de la mare Antigó. Ara l’antic monestir és de propietat pública i seu d’exposicions.