Il s’agit d’un prieuré de l’ordre de Fontevraud, fondé à l’initiative de Robert d’Arbrissel (v. 1045-1116), qui, après avoir établi cette abbaye, parcourut diverses régions dans une mission à la fois évangélique et fondatrice. En 1108, Aymery de Châtellerault lui concéda ces terres, qui, selon une tradition non documentée, auraient appartenu auparavant à un monastère masculin disparu.
C’est à cet endroit qu’a été fondé le prieuré qui, comme il était d’usage dans l’ordre fontevriste, réunissait une communauté féminine et une communauté masculine, placées sous l’autorité de la prieure. En 1119, le pape Calixte II confirma ses possessions. En 1562, au cours des guerres de Religion, le site fut pillé et incendié. Une réforme fut entreprise en 1611 avec l’arrivée d’Antoinette d’Orléans, mais, en raison de différends avec l’abbesse de Fontevraud (Maine-et-Loire), elles quittèrent les lieux en 1617 pour fonder l’ordre des Bénédictines de Notre-Dame du Calvaire.
Le prieuré de Lencloître subsista jusqu’à la Révolution, moment où la communauté dut se disperser. En 1805, l’église reçut les fonctions paroissiales du bourg qui s’était formé autour du monastère. Il subsiste essentiellement l’église du XIIe siècle, qui a été très peu modifiée depuis sa construction initiale à l’époque de la fondation. Elle comporte trois nefs, six travées et un transept. Le chevet est composé de trois absides : une alignée avec la nef centrale, les deux autres dans les bras du transept. Les bâtiments conventuels ont été davantage transformés ou détruits, mais le site a la particularité de conserver des vestiges des deux espaces conventuels, celui des femmes et celui des hommes.
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