Les origines du monastère de Saint-Benoît de Quinçay sont incertaines. Une tradition le situe à l’époque de l’évêque Hilaire de Poitiers (IVe siècle), mais une version plus vraisemblable estime qu’il fut fondé —ou peut-être restauré, en cas d’origine antérieure— vers 670-672 par Achard († 687), originaire de Poitiers et moine professé à l’ abbaye de Saint-Jouin-de-Marnes (ou Ension, Deux-Sèvres). Pour réaliser cette fondation, il bénéficia du soutien financier de sa famille et de l’abbaye de Jumièges (Seine-Maritime).
En 674, deux moines venus de Jumièges arrivèrent pour instruire la communauté de Quinçay. Achard lui-même devint abbé de Jumièges en 682 et y mourut en 687. Les abbayes de Jumièges et de Quinçay entretenaient des liens très étroits : saint Philibert de Jumièges (616-685), fondateur de cette abbaye, participa également à la fondation et à la construction de l’église monastique de Quinçay, alors dédiée à la Vierge. En 868, à cause des invasions normandes, les moines quittèrent le monastère et se réfugièrent en Auvergne, tandis que l’édifice était détruit.
Après cet épisode, l’établissement disparut ou fut réduit à sa plus simple expression, jusqu’à sa restauration au XIe siècle. En 1027, on mentionne déjà une abbaye dédiée à la Vierge, à saint André et à saint Benoît. C’est probablement à cette époque que seraient arrivées les reliques de saint Benoît d’Aizenay (personnage du IVe siècle), ce qui amena le lieu à être appelé, par la suite, Saint-Benoît de Quinçay. Il dépendait du chapitre de la cathédrale de Poitiers, qui en nommait les abbés. Il ne devint jamais une grande abbaye et sa communauté semble être restée modeste.
Vers le milieu du XVe siècle, il se trouvait en pleine décadence et ses bâtiments étaient en mauvais état. En 1569, il fut directement touché par les guerres de Religion. En 1574, il passa sous le contrôle d’abbés commendataires. Par la suite, il intégra la congrégation des Exempts, et en 1758, il retourna sous l’autorité de l’évêque de Poitiers. En 1760, le monastère fut supprimé et, deux ans plus tard, la paroisse fut transférée dans son église. À la Révolution, ses biens furent vendus. Aujourd’hui, il reste l’église —en grande partie romane—, des vestiges du cloître détruit pendant les guerres de Religion, ainsi que d’autres bâtiments d’époque postérieure.
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