Se considera que la abadía de Saint-Pons fue fundada a instancias de Carlomagno sobre el lugar donde habría sido martirizado san Poncio de Cimiez. El origen de la ciudad de Niza (Nikaia) es muy antiguo, habría sido fundada hacia el siglo IV a. C. por los foceos, que antes se habían establecido en Masalia (Marsella). En el siglo I los romanos fundan el lugar de Cemenelum (Cimiez) cerca de la antigua Nikaia.
Es en este período que se sitúa la llegada de Poncio a la ciudad, huyendo de Roma, de donde era originario, fue encarcelado y martirizado en Cimiez en el año 257. Aunque en el siglo V Cimiez fue víctima de las invasiones de los godos y poco a poco queda despoblada, el lugar de sepultura de san Poncio era muy concurrido y su figura, objeto de veneración. La tradición dice que Carlomagno fundó aquí el monasterio de Saint-Pons en el año 775 y que puso a su sobrino Siagrio al frente. Aparte de la narración mencionada, parece muy posible que el monasterio estuviera en funcionamiento a finales del siglo VIII, pero poco después una invasión sarracena lo destruyó.
A finales del siglo X, la casa benedictina se había fundado nuevamente y recuperado, en 937 el conde Ramón III de Toulouse llevó una parte de las reliquias del santo a la abadía de Saint-Pons-de-Thomières (Hérault), lugar que él mismo había fundado el año anterior. El primer documento conocido de este monasterio es del año 999, se trata de una donación a favor de la abadía efectuada por Miron de Niza. En las décadas siguientes otras donaciones de bienes beneficiaron a Saint-Pons, convirtiéndose en un monasterio próspero con muchas iglesias y prioratos dependientes. En 1247, en plena época de apogeo, una bula del papa Inocencio IV, confirmaba todos sus bienes y posesiones.
Mémonum, Montpeller
La crisis y decadencia llegó en el siglo XIV, con episodios de peste y especialmente los efectos de la guerra de la Union d’Aix que afectó a Niza y al monasterio, que vio cómo la comunidad huía. En 1473, la abadía se sometió al régimen de encomienda, con la consiguiente merma de sus ingresos. En 1528 hubo un intento fallido de suprimirla para añadir sus bienes a la mensa capitular de la catedral. Poco a poco, la situación se fue agravando de forma que afectó a la observancia, a la vez que la situación física de las dependencias monásticas era casi de ruina (1567).
A pesar de su situación, a principios del siglo XVIII los benedictinos emprendieron la reconstrucción total del monasterio, la abadía de Saint-Pons se mantuvo hasta que Víctor Amadeo III de Cerdeña la suprimió en 1792. Después de un período de transición, en época de la Revolución, Niza pasó otra vez al reino de Cerdeña y el antiguo monasterio se convirtió en propiedad pública, pero manteniendo el culto. En 1835 llegaron los Oblados de María que restauraron los edificios. En 1860 Niza pasó al Estado francés, que recuperó la propiedad el lugar y, en 1903, los Oblados fueron expulsados definitivamente. Después la ciudad de Niza tomó la propiedad del monasterio, la iglesia se convertía en parroquia y el monasterio adoptaba funciones hospitalarias.
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