Se trata de un pequeño priorato dependiente de la abadía de Saint-Philibert de Tournus (Saona y Loira) de la que se tienen noticias desde el 1074, cuando Ulrich, señor de Bâgé, hizo donación de la capilla de Saint-André a Tournus para que los monjes levantasen un priorato. A pesar de todo hay noticias de una iglesia dedicada a san Andrés en este lugar en el siglo IX, que posiblemente sea esta. Durante el siglo XII Saint-André-de-Bâgé figura en las confirmaciones de bienes efectuadas por varios papas a la abadía de Tournus. Se sabe también que tuvo funciones parroquiales. La última vez que se menciona este lugar como priorato es en el 1269, en esta época se construyó una nueva iglesia en Bâgé y Sant-André iría perdiendo utilidad.

Desde el siglo XVI debía sufrir un cierto abandono, una visita del 1656 revela que se encontraba en mal estado de conservación. A comienzos del siglo XVIII se consideraba su derribo pero a mediados del siglo XVIII se hicieron algunas obras de reparación. Debido a su estado precario y que ya no tenía culto, la Revolución no se cebó con la iglesia, que se salvó. Con el siglo XIX llegaron las restauraciones y su inscripción como monumento a proteger, también se restauró el campanario. La actual iglesia es un edificio románico que ha sufrido muchas modificaciones en el transcurso de su historia, conserva capiteles historiados de la misma época.