Es tracta d’un petit priorat depenent de l’abadia de Saint-Philibert de Tournus (Saona i Loira) de la que hom té notícies des del 1074, quan Ulrich, senyor de Bâgé, va fer donació de la capella de Saint-André a Tournus perquè els monjos hi aixequessin un priorat. Malgrat tot hi ha notícies d’una església dedicada a sant Andreu en aquest lloc al segle IX, que possiblement sigui aquesta. Durant el segle XII Saint-André-de-Bâgé figura en les confirmacions de béns efectuades per diversos papes a l’abadia de Tournus. Hom coneix també que va tenir funcions parroquials. El darrer cop que s’esmenta aquest lloc com a priorat és en l’any 1269, en aquesta època es va bastir una nova església a Bâgé i Sant-André aniria perdent utilitat.

Des del segle XVI devia patir un cert abandonament, una visita del 1656 revela que es trobava en mal estat de conservació. A començament del segle XVIII es considera el seu enderroc però a mitjan del segle XVIII es fan algunes obres de reparació. A causa del seu estat precari i que ja no tenia culte, la Revolució no es va acarnissar amb l’església, que es va salvar. Amb el segle XIX van arribar les restauracions i la seva inscripció com a monument a protegir, també es va restaurar el campanar. L’actual església és un edifici romànic que ha patit moltes modificacions en el decurs de la seva història, conserva capitells historiats de la mateixa època.