Existeix una llegenda que diu que la fundació d’aquest monestir és obra de sant Amand (c594-c684) però aquesta narració hom la considera errònia i possiblement vingui d’una confusió de noms amb Saint-Pierre-de-Nant (Avairon) i l’abadia d’Elnon (Nord). No és fins més endavant que es comencen a trobar referències a aquest lloc, la documentació és molt escassa a causa de la pèrdua de l’arxiu del monestir. A banda d’una referència insegura a un abat anomenat Teto, de l’any 670, no hi ha documentació fiable fins que hom troba l’abat Syagrius com assistent a la consagració reial de Pipí el Breu de qui obté alguns beneficis pel monestir que serien confirmats el 817 per Lluís el Pietós. El 877, a la mort de Carles el Calb en un viatge, aquest fou enterrat temporalment a Saint-Pierre de Nantua fins que el 884 les seves restes es van traslladar a l’abadia de Saint-Denis. Aquell monestir va quedar destruït el 952 per un atac dels invasors hongaresos.

La seva recuperació va venir des de l’abadia de Cluny, que es va encarregar de la reconstrucció del lloc, el 959 l’antic monestir va quedar dins de l’òrbita cluniacenca. El gran abat sant Hug de Cluny (o Hug de Semur, 1024-1109) va ostentar també el càrrec d’abat de Nantua. A causa de la política interna cluniacenca, aquesta casa va prendre el rang de priorat el 1109, títol que va mantenir fins la Revolució, quan el monestir fou suprimit definitivament. Després el lloc va prendre les funcions parroquials traspassant-les de l’antiga parròquia de Saint-Michel, petita i en mal estat, que es va enderrocar. L’església porta des d’aquell moment l’advocació de sant Miquel.