L'església de Santa Maria dels Prats de Rei és d'origen antic, de mitjans del segle X. El 1126 el bisbe de Vic la va donar a l'orde del Sant Sepulcre de Jerusalem, operació que fou confirmada per Ramon Berenguer III. Després de diverses diferències entre aquest orde i el bisbat de Vic, el 1261 es va signar un acord segons el qual Santa Anna de Barcelona es comprometia a servir l'església on hi desplaçava un frare sota l'obediència del bisbe de Vic.
Segurament arran d'aquest acord, el monestir de Santa Anna va fundar un priorat, o més aviat una comanda de caire econòmic, a la capella de Sant Miquel, situada fora de la població dels Prats de Rei, anant cap a la Manresana. Alguns autors situen aquesta fundació abans del 1222. La casa mai va tenir una comunitat nombrosa i al segle XIV era en decadència. El 1542 Santa Anna de Barcelona va vendre Sant Miquel de la Comanda a Santa Maria de Montserrat, l'església romànica es va conservar fins al 1936, data en què fou destruïda i les seves pedres utilitzades per aixecar les escoles dels Prats.
- ADELL, Joan Albert (1992). Restes de Sant Miquel de la Comanda. Catalunya romànica. Vol. XIX. El Penedès, l’Anoia. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- ARAN I SURIOL, Joan (2002). Santa Anna de Barcelona. Monestir, col·legiata, parròquia. Barcelona: Mediterrànea
- CATALÀ I ROCA, Pere; i altres (1997). Els castells catalans. Vol. V. Barcelona: Rafael Dalmau Ed.
L'església de Sant Miquel estava situada entre la població dels Prats de Rei i la Manresana