En 1346 el arcediano de la catedral, Guillem de Sentmenat, levantó una capilla dedicada a Sant Bernabé que se convirtió en propiedad del obispado. Entre los años 1428 y 1429 aquella iglesia fue cedida a dos frailes menores observantes, Mateu de Camós y Ramon de Manresa, que con el apoyo de la ciudad de Tortosa, impulsaron la creación de una casa de esta orden.
Las tareas de construcción y adaptación del lugar, entre ellas la de levantar una nueva iglesia, se fueron desarrollando y en 1475 la casa ya tenía entidad suficiente para poder celebrar un capítulo provincial. En 1524 se convirtió en seguidora de la rama recolecta, fray Salvador de Horta formó parte de esta comunidad durante unos años, antes de ir a Horta (Terra Alta). Finalmente, en 1567 la comunidad del primer convento de Sant Francesc de Tortosa se integró en éste. Durante el siglo XVII, además de la riada de 1617, sufrió los efectos de los distintos episodios bélicos que afectaron al país.
Entre 1732 y 1792 se trabajó en la reconstrucción total del convento, tanto la iglesia como las demás dependencias, obra que, en líneas generales, todavía se conserva. El siglo XIX supuso una serie de infortunios, propios de la situación social del momento, la guerra de la Independencia, el Trienio Liberal y finalmente la desamortización, que puso fin a la vida conventual en este lugar. En 1864 llegaron los jesuitas, y ahora es una iglesia parroquial.
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La iglesia del convento es ahora la parroquial del lugar de Jesús