L’any 1346 l’ardiaca de la catedral, Guillem de Sentmenat, va aixecar una capella dedicada a Sant Bernabé que va esdevenir propietat del bisbat. Entre els anys 1428 i 1429 aquella església fou cedida a dos framenors observants, Mateu de Camós i Ramon de Manresa, que amb el suport de la ciutat de Tortosa, van impulsar la creació d’una casa d’aquest orde.
Les tasques de construcció i adaptació del lloc, entre les quals la d'aixecar una nova església, es van anar desenvolupant i el 1475 la casa ja tenia prou entitat per a poder-hi celebrar un capítol provincial. El 1524 es va convertir en seguidora de la branca recol·lecte, fra Salvador d'Horta va formar part d'aquesta comunitat durant uns anys, abans d'anar a Horta (Terra Alta). Finalment, el 1567 la comunitat del primer convent de Sant Francesc de Tortosa va integrar-se en aquest. Durant el segle XVII, a més de la riuada de 1617, va patir els efectes dels diferents episodis bèl·lics que van afectar el país.
Entre els anys 1732 i 1792 es va treballar en la reconstrucció total del convent, tant l'església com les altres dependències, obra que, en línies generals, encara es conserva. El segle XIX va comportar un seguit d'infortunis, propis de la situació social del moment, la guerra del Francès, el Trienni Liberal i finalment la desamortització, que va posar fi a la vida conventual en aquest indret. El 1864 hi van arribar els jesuïtes, i ara és una església parroquial.
- BOADAS, Agustí (2014). Els franciscans a Catalunya. Història, convents i frarades (1214-2014). Lleida: Pagès Ed.
- FABREGAT, Emeteri (1996). Jesús: La formació d'un nucli urbà. Tortosa: C. G. Dertosense
- GAVÍN, Josep M. (1977). Inventari d'esglésies. Vol. 1. Montsià, Baix Ebre, Terra Alta, Ribera d’Ebre, Priorat, Matarranya. Barcelona: Arxiu Gavín
- MUÑOZ, Joan-Hilari (2014). La construcció del convent franciscà de Jesús (1732-1792). Els fonaments d’un poble. Tortosa: EMD de Jesús
- O'CALLAGHAN, Ramon (1886-1888). Anales de Tortosa é historia de la Santa Cinta. Tortosa: G. Llasat
- SANAHUJA, Pedro (1959). Historia de la seráfica provincia de Cataluña. Barcelona: Ed. Seráfica
- VIDAL FRANQUET, Jacobo (2008). Les obres de la ciutat. L’activitat constructiva de la universitat de Tortosa a la baixa edat mitjana. Barcelona: P. Abadia de Montserrat
L'església del convent és ara la parroquial del lloc de Jesús